En la mañana del 26 de Abril de 1986, el reactor del bloque de energía 4 de la Central Nuclear de Chernobyl quedó destruido tras una gran explosión térmica. El viento desplazó la nube radioactiva resultante por toda la URSS y también por Europa e incluso América.
Las ramificaciones de este desastre son tan graves que el gobierno de la Unión Soviética se ve obligado a evacuar de urgencia a los residentes de las ciudades y pueblos cercanos.
Las áreas contaminadas en un radio de 30 kilómetros en torno a la central nuclear se convierten en una zona de exclusión poderosamente protegida.
La operación de Chernobyl continúa con la construcción de un sarcófago reforzado con cemento sobre los restos de la central. La existencia de una fuente masiva de energía, junto con el hecho de que el área ha quedado deshabilitada, se traduce en la creación de una red de laboratorios secretos.
10 de Junio de 2006. Un destello cegador ilumina "La Zona". Una explosión de luz seguida de un segundo silencio total mientras varias nubes se evaporan en el cielo. Después, un trueno sacude el suelo. La mayor parte de los soldados del gobierno que protegen el perímetro fallecen al instante.
2007. Los científicos siguen sin explicarse lo sucedido. Las escasas expediciones que se adentran en La Zona suelen terminar en tragedia y, los supervivientes afirman haber visto seres mutantes con increíbles habilidades.
2009. Según diversos estudios, en La Zona viven entre 100 y 300 individuos desconocidos. Se llaman a sí mismos "Stalkers" y se dedican a recoger formaciones anómalas denominadas artefactos, que después venden a cambio de considerables sumas de rublos.
2010. A pesar de los cordones militares que rodean el perímetro, el fenómeno de los Stalkers se multiplica. Pero estos se mueven principalmente por los límites de La Zona. Todos los escasos intentos de adentrarse en La Zona han fracasado.
2011. El Stalker Strelok resuelve el secreto del Cauterizador cerebral, un poderoso emisor capaz de destruir las mentes humanas que intentaban llegar al centro de La Zona. Tras su desactivación, todos los Stalkers se dirigen al centro de La Zona; algunos con la esperanza de encontrar un arsenal de artefactos, otros en busca del Genio.
En estas circunstancias tan inestables, el consejo de defensa y seguridad nacional de Ucrania decide poner en marcha una operación inminente especial, conocida como la Operación Puente. Docenas de helicópteros transportan soldados hacia Chernobyl, moviéndose por los cielos por medio de mapas de campos de anomalías. A pesar de lo meticuloso de los preparativos, la operación es un fracaso y ningún helicóptero regresa de la misión.
El Mayor Degtyarev, agente especial de la USS y antiguo Stalker experimentado, es enviado a La Zona para investigar el fracaso de la operación. Se lo reconoce como Mayor Degtyarev porque nadie conoce acerca de él, fue un nombre dado a él que perteneció a un importante soldado de la USS.
El mayor, equipado con un fusil de asalto, víveres para dos semanas y una radio para comunicarse con el cuartel general, comienza su viaje al centro de La Zona.