Suatu hari, Conan dan Ran telah pergi ke Taman Tema. Di sana, Ran teringat bahawa ianya sama seperti waktu dia dan Shinichi ke sana. Tiba-tiba, mereka terserempak dengan organisasi hitam. Conan terkejut lalu bercadang untuk menjauhkan diri dari mereka. Tetepi mereka diikut. Organisasi hitam itu syak bahawa Conan ialah Shinichi kerana jaket yang dipakainya sama seperti peristiwa yang tak dapat dilupakan itu. Conan pun menelefon Professor Agasa dan membawa Ran pulang. Selepas itu, Conan pun ekori mereka. Tetapi, mereka licik. Dari belakang salah seorang daripada mereka telah memukul kepala Conan dengan menggunakan kayu sehingga pengsan.
Apabila Conan sedar, dia telah berada di dalam bilik kurungan mereka yang terletak di sebuah pelabuhan kapal. Conan cuba untuk melepaskan diri tetapi dia tidak berjaya. Dia juga telah cuba menelefon Professor Agasa tetapi di sana tiada talian. Pada masa yang sama Ran risau akan kehilangannya yang sama seperti apa yang berlaku kepeda Shinichi. Dua hari berkurung di situ,akhirnya tiba sebuah kapal yang besar. Kapal itu diketuai oleh Luffy. Conan yang sedar akan kejadian itu menjerit meminta tolong. Luffy pun menyebut 'gomugomuno' lalu memecahkan pintu itu. Conan berasa terkejut dengan apa yang berlaku di hadapannya.
Luffy dan kawan-kawannya pun berkenalan dengan Conan. Mereka telah membawa Conan ke atas kapal mereka dan Conan memberitahu perkara yang sebenar. Pada malam itu, semasa Conan, Luffy dan kawan-kawannya sedang nyenyak tidur,Kid pun datang lalu mencuri peta ke Greenland dan menculik Nami. Pagi itu, Conan pun menelefon Hatori untuk membantunya menyelesaikan kes ini dan mereka bersama-sama mencari klu untuk mencari Nami dan peta itu.
Semasa mereka sedang menyelesaikan kes, tiba-tiba muncul organisasi hitam yang sedang mencari Conan. Luffy pun membelasah mereka dengan tumbukan bertalu-talu. Organisasi hitam sudah tidak berdaya lalu kalah. Kini mereka berada di tangan Kapten Luffy. Conan pun tanya tentang posion untuk mengembalikan badannya kepada asal. Mereka kata bahawa Sherry yang mencipta posion itu. Conan pun pulang ke rumah Professor Agasa yang sudah lama menunggunya. Dia segera memberitahu Sherry untuk mencipta poison itu. Sherry pun berusaha mencipta poison untuk mengembalikan badannya ke bentuk asal.
Sebulan kemudian, posion itu pun berjaya dihasilkan. Conan segera minum posion itu lalu pengsan. Apabila dia sedar, badannya sudah kembali kepada asal. Conan mengucapkan terima kasih kepada Sherry. Dalam berita, ada hal tentang sebuah kotak harta karun yang dijumpai dan kini disimpan di Menara Toto. Shinichi, Luffy dan kawan-kawannya pun pergi ke sana kerana Shinichi tahu bahawa Kid tentu akan ke sana. Tekaannya benar. Setiba di sana, Luffy menyebut 'gomugomuno' dan mengerjakan Kid. Akhirnya, Luffy berjanji akan berkongsi harta mereka di Greenland sekiranya Kid bekerjasama dan melepaskan Nami dan peta itu. Kid pun bersetuju. Pada malam itu, Sanji memasakkan banyak makanan yang sedap untuk makan malam. Pagi itu, Kid, Luffy dan kawan-kawannya pun hendak meneruskan perjalanan mereka. Sebelum itu, Luffy meninggalkan seguni syiling emas dan mengucapkan terima kasih kepada Coan kerana membantunya. Di tengah laut, Luffy dan Zorro pun mencampakkan organisasi hitam ke dalam laut sebagai balasan.
Shinichi pun pulang ke rumah. Di sana, Ran menangis lalu memeluk Shinichi. Dia pun memberitahu Ran hal yang sebenarnya. Encik Maori pun terkejut besar lalu memukul kepala Shinichi seperti biasa dia memukul kepala Conan.