Trois ans se sont écoulés depuis les événements s'étant déroulés à l'académie Kurosu, conduisant à la mort de Rido Kuran. Trois longues années durant lesquelles le monde sombrait de plus en plus dans la furie du sang. Partout, les cas de dégénérescence des « vampires autrefois humains » en Level E se manifestaient et de plus en plus fréquemment avec le temps. Suite à la dissolution de la Night Class et à sa libération, Kaien Kurosu a reprit son rôle de directeur d'académie très à cœur en délaissant quelque peu son rôle en tant que Hunter, voulant à tout prix protéger ses élèves de la folie qui régnait au dehors. En outre, il a laissé vacante la place de grand maître de la Guilde, entrainant la montée au pouvoir d'un nouveau chef. Ayant fini ses études, Zero vit à présent seul en ville, se consacrant totalement à la chasse aux vampires et nourrissant toujours le projet de Le tuer…et de la tuer Elle.