Le Conseil des Jedi a finalement décidé de confier à Maître Windu la mission de débusquer les membres de la Confédération des Systèmes Indépendants sur la planète de Utapau. Obi-Wan resté sur Coruscant, reçoit les confidences d'Anakin, qui lui révèle la véritable nature du Chancelier Palpatine, redoutable seigneur Sith. La confrontation se solde par la mort du Chancelier, Anakin n'ayant pas le courage de s'opposer à la sanction de son maître.
La République semble sauvée des ambitions du Chancelier Suprême, mais la guerre n'est pas terminée. Malgré la mort du comte Doku, le Général Grivious demeure introuvable, les ambitions des leaders séparatistes menacent de briser la fragile République, et la Sénatrice Amidala, en tant que représentante de la Délégation des 2000, devient la cible de l'opposition. Afin de restaurer la confiance des différents systèmes envers la Démocratie et le Sénat, des élections sont programmées pour élire un nouveau Chancelier. Le Sénateur Organa est pressenti comme favori, mais des voix s'élèvent également en faveur de la Sénatrice.
Celle-ci redoute cependant son retour à Coruscant. En effet, elle n'a pas revue Anakin depuis leur capture par la Fédération, sur la planète Géonosis, il y a trois ans de cela. Malgré l'aveu de ses sentiments à son égard lors de leur entré dans l'arène, la jeune Sénatrice, refusant de compromettre sa carrière politique et celle du jeune Jedi, n'a pas cédée à ces demandes…