26 de Febrero del 2084, Mega-Primus – el último bastión de la humanidad en un planeta Tierra mortalmente contaminado – corre peligro de ser destruida.
Todo comenzó cuando una mañana los habitantes se dirigían como siempre a sus trabajos y vieron que algo en el paisaje había cambiado. En lo alto del cielo, se podían ver unas pirámides color escarlata flotando. El tráfico en las calles esa mañana fue el de siempre; el flujo de gente que se movía a través de la red de "people tubes" que cubre toda la ciudad era el mismo; y los vuelos ínter espaciales salían a tiempo. Pero, todas las cabezas giraban hacía las pirámides que flotaban sobre la ciudad-estado, las manos señalaban y todos se preguntaban qué demonios era eso; porque nadie sabía.
Las misteriosas pirámides aparecieron en todos los noticieros. Megapol, la policía, se pronunció dando algo de información. Se sabía que en total eran tres pirámides, que se movían por toda la ciudad y que tenían una especie de campo de fuerza (ya que luego de mandar una nave esta explotó luego de acercarse demasiado) por lo que se pedía a la población no volar cerca de las pirámides. Si bien los patrulleros de Megapol constantemente las vigilaban, fueron pasando los días y la tensión alrededor de ellas poco a poco fue disminuyendo. La madrugada del domingo todo cambió.
A eso de las 2:00am, se escuchó algo como una explosión proveniente de la zona sur de la ciudad. Como se trata de una zona industrial, los pocos que se despertaron pensaron que el culpable fue alguna fábrica o algún almacén. Si en vez de volver a dormir hubiesen mirado por la ventana en dirección al sur, hubiesen visto un destello proveniente de la pirámide que sobrevolaba por esa zona; luego el ovni que apareció de la nada en donde antes estaba la pirámide y finalmente como la pirámide volvía a aparecer luego que el ovni se movió de donde había aparecido en un principio. La "explosión" sonó 2 veces más y los 3 ovnis se pasearon disparando a toda construcción y vehículo que encontraron a su paso. Si bien los patrulleros de Megapol combatieron con estos, no lograron destruir ni uno. Por el contrario, 4 policías murieron cumpliendo su labor. El ataque alienígena duró 20 minutos, luego de los cuales los ovnis regresaron por donde llegaron; dejando tras de sí escombros, fuego, humo y terror.
La histeria se apoderó de toda la ciudad. El "Spaceport" se vio repleto de gente que quería irse cuanto antes y Transtellar aprovechó para poner los precios de los pasajes a las distintas colonias fuera de la Tierra por las nubes. Aún así, con los pasajes costando hasta 40 veces más, cada día más gente huía de la ciudad-estado. Las casas de estos luego eran tomadas por gente con menos recursos que vivían en los antiguos suburbios, fuera de las murallas. El crimen (robos, daños a la propiedad privada y demás) aumentó considerablemente, así como la violencia. Los padres de familia dejaron de mandar a sus hijos al colegio y varios dejaron de ir al trabajo. La economía comenzó a paralizarse. La gente miraba las pirámides ahora con horror, con la angustia con la que un condenado a muerte espera su hora. Si una pirámide comenzaba a acercarse a alguna zona residencial, aquellos que vivían ahí trataban de mudarse a lugares más seguros (casas de amigos o familiares) y se volvió común esa migración dentro de la ciudad alejándose de ellas. Nadie quería estar cerca porque en cualquier momento podía haber otro ataque. Nadie quería jugar esa ruleta rusa. Bueno, no exactamente nadie.
Apareció un grupo religioso en la ciudad anunciando que la redención de la raza humana ocurriría gracias a la intervención de una raza alienígena superior. Se hacían llamar El Culto de Sirius y por sus creencias se declararon públicamente aliados a los extraterrestres. Poco a poco comenzaron a ganar fanáticos.
En medio de este escenario de crisis, los 13 senadores que forman el gobierno de Mega-Primus actuaron con rapidez. En una reunión ultra-secreta convocada de urgencia, aprobaron unánimemente la reactivación de la Extraterrestrial Combat Unit... más conocida como X-COM.