Résumé des arcs précédents:
-Markus, un traqueur wraith, originellement capturé par l'équipe de Sheppard, a trahi les siens et est entré au service d'Atlantis, dans le seul et unique but de rester au côté de Rosanna Gady, une artiste terrienne venue sur la cité pour comprendre pourquoi, depuis sa plus tendre enfance, elle peint des symboles Anciens.
Durant un an et demi, leur amitié ne fait que se renforcer, mais Markus finit par fuir la cité avec l'accord de Weir et la complicité de la soldate Milena Giacometti, afin de protéger Rosanna de son influence qu'il juge, à tort, néfaste.
-Six mois plus tard, Rosanna, Milena et près de cinquante autres atlantes sont capturés par des wraiths et offerts en cadeau à Silla, l'ancienne reine de Markus, qui leur voue une haine féroce.
Sur la ruche de cette dernière, Rosanna retrouve Markus, que ses anciens frères torturent depuis des semaines en vain. Elle y rencontre aussi Pierre, un scientifique alien fasciné par les humains et qui semble avoir une certaine curiosité pour elle, ainsi que Tom, un enfant wraith qui les aidera à s'échapper.
Au prix de lourdes pertes, ils parviennent à fuir, et afin que le Dart contenant la vie de plus de cinquante prisonniers puisse s'éloigner de la ruche, Markus décide de se sacrifier en restant en arrière, Rosanna l'imitant, à sa plus grande horreur.
Silla, une fois de plus humiliée, ne les tue pas, mais sur une suggestion de Pierre, les transforme en coureurs, pendant que Milena et les autres survivants rentrent sur Atlantis avec le petit Tom qui s'est glissé subrepticement dans le cockpit du chasseur.
-Durant deux ans, Markus et Rosanna parcourent la galaxie, la moitié des traqueurs wraiths sur leurs traces, Silla ayant mis la plus grosse prime jamais offerte pour des coureurs sur leur tête : un croiseur de guerre avec son équipage.
Pendant ce temps, Milena, aidée de Jin'shi, une archéologue de la race Irän - des insectoïdes pacifiques, lointains cousins des wraiths -, élève Tom, d'abord sous la protection d'un immense bouclier Ancien, où ils sont rapidement rejoints par la tribu de Sama, derniers survivants de l'extermination de leur peuple par les wraiths, puis, plus tard, dans le village d'Estain, sur la planète Oumana, lorsque Tom, devenu adolescent, doit commencer à se nourrir d'énergie vitale.
-Parallèlement, Delleb, une reine wraith poussée par des visions divines, abandonne sa ruche et part à la recherche d'un mystérieux symbole, accompagnée seulement de Zil'reyn, son fidèle commandant, et de l'esclave personnelle de ce dernier, la jeune Azur.
Durant de longs mois, ils errent de planète en planète, en vain, croisant par trois fois la route de Markus et de Rosanna. Finalement, Delleb réalisera que le symbole qu'elle cherche, Rosanna le porte sous la forme d'un vaste tatouage dorsal : elle décide donc de coller au train de l'humaine, bien qu'elles aient de la peine à se supporter.
-Rosanna, qui vient tout juste de retrouver sa liberté grâce à Kenny, le lieutenant de Todd, apprend qu'Atlantis a quitté Pégase pour la Terre, l'excentrique capitaine détenu à bord. Simultanément, ils retrouvent Milena, Amanda et Dampa Kang, qui vivent à présent sur Oumana en compagnie de Tom après avoir refusé de quitter la galaxie en les abandonnant derrière.
Pendant ce temps, sur Terre, Sheppard, McKay et Todd mettent sur pied une vaste mystification afin de renvoyer Atlantis dans Pégase malgré le refus de la Commission.
Dans Pégase, sur Oumana et sur l'impulsion conjointe de Rosanna et de Milena - soutenue par Delleb -, une étrange expérience sociologique qui prend le nom d'Ouman'shii naît de la fragile alliance entre des wraiths et des humains.
Poussée par la nécessité et un odieux chantage de Pierre - le wraith qui lui a implanté son traceur sur la ruche de Silla -, Rosanna est forcée à affronter l'ancienne reine de Markus qu'elle parvient à vaincre au prix de lourds sacrifices, gagnant son trône et un vaste territoire qu'il lui faut à présent défendre, ainsi que plus de mille wraiths à convertir à la philosophie ouman'shii.
-De difficultés en alliances, les choses avancent, et petit à petit, ce qui était un pari dément prend la forme d'un rêve viable, qui ne cesse de grandir et de se renforcer.
Milena adopte le dernier enfant survivant de la ruche de Silla, un bébé wraith prénommé Zen'kan, tandis que Pierre - Silmalyn de son vrai nom -, qui a entre-temps prêté serment à Rosanna, se met à étudier les deux hybrides afin de tenter de trouver une cure pour Drysse, que la mutation affaiblit.
A la surprise générale, les Grinnaldiens, le premier peuple rencontré par Rosanna à son arrivée dans Pégase, décident de se joindre dans leur ensemble à leur alliance, guidés par leur chamanes et leurs visions, ouvrant une nouvelle voie pour la toute jeune nation.
C'est d'ailleurs durant la grande fête organisée par les natifs pour célébrer leur alliance qu'Amanda Strauss finira par céder aux avances guère subtiles d'un des fils de Delleb, Trel'kan, dépassant ses préjugés et ses blocages au profit d'un raisonnement rationnel.
Lorsque Léonard, l'ingénieur wraith manchot qui a réparé l'Utopia, une frégate Ancienne qu'ils ont découvert lorsqu'ils étaient coureurs, apprend à Rosanna qu'il a détecté Atlantis, de retour dans Pégase, Rosanna organise une mission d'infiltration sur la cité afin d'y récupérer Todd, retenu prisonnier et sujet volontaire d'une nouvelle expérimentation de rétrovirus qui l'affaiblit gravement, le privant de ses capacités de wraith et faisant défaillir ses organes les uns après les autres.
Une fois le commandant en sécurité à bord de l'Utopia, Silmalyn (aidé de Todd) inverse le processus, et l'antique wraith est rendu à son lieutenant Kenny, permettant à Rosanna de tenir sa promesse - avec un an de retard - avant de retourner sur Oumana annoncer aux autres qu'ils ont découvert Atlantis.
Annonce qui tombe à l'eau, l'équipe de Sheppard ayant été capturée par des wraiths de Delleb durant son absence. Face à la résistance farouche des Terriens, la reine n'a eu d'autre choix que de demander à Milena de les calmer, et c'est donc sur d'étranges retrouvailles que cet opus s'achève.