Setelah Kirigaya Kazuto dilatih menjadi Assassin oleh Satoru, dia menghadapi para Templar Order yang dipimpin oleh Grandmaster Yozo Kagami. Belum lagi Asuna Yuuki mengetahui bahwa Kazuto menjadi seorang Assassin dan melarangnya untuk menemui kakaknya tersebut. Namun, dia mengajaknya untuk ikut serta dalam perang yaitu memasuki Prancis sekali lagi melalui Animus 2.0. Satoru, Kazuto, Asuna, dan Koichirou perlahan tapi pasti akan berhadapan dengan para Templar yang dikomando oleh Germain. Belum lagi muncul para member Templar Order dari Jepang. Satu-satunya yang bisa bantu adalah Arno Dorian. Masalahnya, dia bersekutu dengan Napoleon Bonaparte, dan dibanish oleh Assassin. Bagaimana cara mereka membujuk Arno untuk melawan Templar? Bisakah mereka berhasil mengalahkannya?
Sequence 01: Beginning
Memory 01:
Akhir Desember 2025.
Kazuto berjuang keras supaya dia bisa membuktikan kepada kakaknya, Satoru bahwa dia seorang Assassin dan berusaha menyelamatkan banyak orang dari cengkraman para member Templar. Termasuk dari pembunuhan yang tidak diinginkan.
Kazuto berangkat ke sekolah dengan badan letih. Suguha bertanya-tanya mengapa Kazuto kelelahan.
"Onii-chan, kau kenapa?" Tanya Suguha.
"Gak apa-apa, sugu. Aku mungkin kecapekan saja." Kata Kazuto.
"Benarkah? Kayaknya tidak mungkin deh. Sini aku periksa badan Onii-chan." Usul Suguha.
Kazuto menolak usulan itu, dan berusaha sehat di depannya. Meski begitu, Suguha merasakan Kazuto sedang kesakitan.
"Tidak perlu, sugu. Aku baik-baik. Aku berangkat dulu. Udah telat nich," teriak Kazuto.
Setelah Kazuto menutup pintunya, dia berlari sembari menahan badannya yang penuh luka-luka. Semenjak dia bergabung dengan Assassin, dia semakin letih, baik fisik maupun mentalnya. Meski begitu, dia tetap semangat sekolah. Saat itulah, dia berjumpa dengan Koichirou yang kebetulan lewat.
"Kau Kazuto iya?" Tanya Koichirou.
"Iya. Anda siapa?" Tanya Kazuto.
"Aku Koichirou Yuuki." Kata nya datar.
Ternyata dia kakak Asuna rupanya, pikir Kazuto dalam hati. Sejak awal, dia penasaran dengan raut wajah dan sikapnya Koichirou saat bertemu dengannya.
"Kau dilatih oleh Mentor Satoru iya? Kalau begitu, semangat. Ada misi yang harus aku selesaikan." Ujar Koichirou dingin. Dia membawa kepala seorang pria.
Kazuto terkejut, ternyata Koichirou benar-benar menakutkan. Dia tidak menyangka bahwa Koichirou seorang Assassin. Biasanya, seorang Assassin tidak pernah mencolokkan aura disekitar. Tetapi bagi Koichirou, dia punya maksud lain. Apa tujuannya? Kazuto tidak mengerti secara pasti.
Sesampai di perjalanan, dia bertemu dengan Asuna, Rika, dan Keiko yang menunggunya.
"Lama sekali kau, Kirito. Tidak biasanya," kata Rika Shinozaki.
"Gomen. Aku kecapekan kayaknya," kata Kazuto letih.
Terlihat jelas bahwa Asuna mengkhawatirkan kondisi Kazuto yang pucat dan letih. Dia ingin mengatakan sesuatu, tetapi ada hal yang tidak ingin dia bicarakan.
"Kirito-kun, lebih baik kau dibawa ke UKS, iya? Biar aku yang membawamu kesana," Usul Asuna.
"Itu tidak perlu, Asuna. Tenang saja. Aku baik-baik saja, ok?" Tanya Kazuto tersenyum.
"Benarkah? Kok Kirito-san pucat begitu?" Tanya Keiko bingung.
"Sudah kuduga. Kau memang penerus Satoru," kata seorang pria berjubah dengan emblem Templar di bahu kiri.
Kazuto menggunakan isyarat kepada mereka untuk mundur. Dia menatap Asuna dan berkata, "Kalian semua mundur. Kalau perlu, panggil Sensei kesini."
"Tetapi Kirito-kun—"
"Lakukan saja, Asuna!" perintah Kazuto kepada Asuna.
Sebenarnya, Kazuto tidak mau dia membunuh orang ini di depannya. Oleh sebab itu, dia meminta Asuna, Rika dan Keiko untuk pergi menemui guru di kantornya.
"Baiklah, Kirito-kun. Tetapi berjanjilah kepadaku. Kirito-kun tidak boleh mati. Paham? Aku akan segera kembali." Asuna berlari menuju ke kantor guru supaya pacarnya tidak mati. Sementara Rika dan Keiko mengikutinya.
Sementara itu, Kazuto menggunakan Hidden Blade di lengannya dan mengenakan hoodie Assassin berwarna hitam.
"Templar, bersiaplah untuk mati!" kata Kazuto sambil menyerang seorang member Templar.