La Academia Pico de Esperanza, lugar en el que se reúnen los jóvenes más talentosos del mundo, ha permitido la formación de un orden mundial basado íntegramente en el elitismo y un sistema piramidal, cuya cúspide está reservada únicamente para aquellos talentos sobresalientes.
Esta historia se lleva a cabo en un mundo alternativo, en el cual la tragedia no lo asoló. Sin embargo, la desesperanza atormenta a los jóvenes dentro de la academia, cuestionándose si sus talentos son un don o una maldición que los asediará por el resto de sus vidas.
Siendo este un mundo alternativo, se encuentran algunas diferencias dentro de la academia. La primera y más importante es la clasificación de los estudiantes, estos son divididos en 4 grupos: deportistas, artistas, científicos/informáticos y auxiliares. Esta división permite a los estudiantes focalizarse en áreas específicas en un entorno complementario.
La segunda diferencia se refiere a la pertenencia a la academia, ya que todo graduado o expulsado de la academia continuara siendo parte de la organización. Lo cual nos lleva a la tercera diferencia; la Academia Pico de Esperanza es parte de una organización multinacional liderada por la misma academia, esta organización cuenta con diversos clubes deportivos, museos, disqueras, estudios filmográficos, fabricas, clínicas, laboratorios especializados, etc. Teniendo presencia en cada rubro de producción, entretenimiento e incluso gobernando implícitamente algunos de los estados más poderosos del mundo. Obviamente, al ser una organización con gran poder de influencia, esta no puede ser conocida ni siquiera por la mayoría de sus miembros, solo un grupo selecto conoce acerca de ella.
Finalmente, la última diferencia se refiere a las obligaciones de los miembros de esta organización, no existe ninguna conducta impropia ni acto ilícito que motive una expulsión de esta organización ya que la mayoría desconoce su existencia, pero cada miembro es obligado a enviar a sus hijos a una escuela especial, filial a la Academia Pico de Esperanza. Las consecuencias de no seguir esta simple orden no son claras, ya que nadie en su sano juicio desaprovecharía una gran oportunidad para sus hijos.
Debido a todo esto, los estudiantes de la academia tienden a discriminar a sus compañeros en base al grupo al que pertenecen o en base a sus padres. Se da por sentado que el grupo predominante es el de deportistas, debido a la rentabilidad que generan para la academia y lo representativos que pueden llegar a ser, por esta razón la academia les dio el grupo A. En el caso del segundo grupo, a pesar de que las investigaciones científicas son prioritarias para la academia, el arte en general publicita enormemente a la academia considerándoseles del grupo B. Teniendo a los científicos e informáticos en el grupo C y al resto en el D, debido a que no son un grupo uniforme. Se genera así un menosprecio por las secciones consideradas más bajas, además de que en las mismas aulas se separan en grupos dependiendo de sus talentos dándoles menos importancia a algunos. A parte de esto, algunos estudiantes se consideran superiores dependiendo de la cantidad de generaciones de familia que hayan pertenecido a la academia, siendo la máxima 3; y los estudiantes cuyos padres no hayan tenido ningún talento son considerados como inferiores.
¿Cómo afrontaran esta situación los protagonistas de esta historia? ¿Qué paso con los protagonistas de Danganronpa 1, 2 y 3 en este mundo? ¿Es posible un juego de matanza en un mundo como este? ¿Cuál es el nombre de la organización que controla el mundo y qué secretos oculta? Acompañen a Hibiki Kuroichi en esta historia de misterio y desesperanza.