Un tiempo después de Tron Legacy.
Kevin Flynn sigue vivo, de alguna manera inexplicable el sistema se reinicio y Kevin reencarnó en otro cuerpo.
Sam Flynn junto con Quorra buscan la manera de continuar el deseo de su padre. La insaciable búsqueda del beneficio al hombre. Quorra es como una niña pequeña que apenas conoce el mundo, le da curiosidad todo. Sam cuida de ella para que no se aprovechen de su inocencia ante el mundo fuera de la red.
La prensa se impresiono ante la noticia de que Sam Flynn estaría mas activo en la compañía, que este cooperaria de forma oficial en la empresa multimillonaria que le heredo su padre .
Quorra se volvió el símbolo de Encom y Sam trata de averiguar cual es la función exacta que le dio Quorra en este mundo, por que no le encontraba nada fuera de lo común, ella es como una humana normal.
Kevin logra activar el bíper y envió otro mensaje, pidiéndole ayuda a su hijo… Este acude, pero se le olvido que combino su ser con CLU.
CLU trata de apoderarse de la mente de Kevin, dejándole comportamiento violentos y señales de que en el cuerpo de Flynn viven dos entidades: CLU y el mismísimo Kevin Flynn.
Es la lucha interna que Kevin a tenido desde reencarnó, pues no es fácil quitarse CLU.
Ante el reinicio de la red, una nueva red diferente a la anterior nació, otro tipo de motos y programas aparecieron, todo cambio.
Y puede ser la ultima vez que Sam vea a su padre vivir.