L'histoire se passe 2 ans après la fin de la 2ème guerre.
Cagalli est devenu la nouvelle représentante officielle d'Orb.
Athrun est restée avec elle et a laissé Meyrin en compagnie de sa sœur, Luna maria et de Shin qui combatte toujours pour Zaft.
Lacus a repris sa vie de chanteuse et est devenu la nouvelle présidente de Zaft grâce a Kira, ils vivaient tous les deux ensembles sur les PLANTS. Mais un danger qui menace les 2 plus grandes importantes femmes au monde va tout chambouler