Prologue:

Ha pasado mucho tiempo desde los sucesos de Sonic Heroes y Sonic Advance 3 y el Dr. Eggman no ha atacado a Sonic y a sus amigos. Sonic sigue su vida tranquilada viajando por el mundo en busca de aventuras, Tails continua construyendo maquinas y en sus tiempos libres sigue a Sonic en sus imparables aventuras, Knuckles aun sigue protegiendo la Master Emerald en Angel Island, Amy vive en un departamento en Central City, un área de Station Square, y sigue soñando con casarse con Sonic, Cream vive con Amy y con su inseparable Chao Cheese, Big ahora vive en Emerald Ruins, una selva cerca de Emerald Town, con Froggy, Rouge vive en Central City y sigue siendo una empleada del gobierno, y por supuesto la mas grande ladrona de joyas del mundo, Shadow viaja por el mundo vigilando que todo el mundo este en paz y feliz como Maria se lo había pedido, el paradero de Omega es desconocido, al igual que el de Gamma.

Esta aventura comienza cuando Knuckles vigilaba la Master Emerald, mientras una misteriosa figura lo observaba desde lo alto de un árbol.