500 tahun yang lalu, sebuah portal aneh muncul di pegunungan berkabut. Masyarakat setempat menyebutnya dengan 'gerbang hitam'. Dari gerbang tersebut keluar makhluk-makhluk mengerikan yang disebut iblis. Kehidupan manusia sedikit demi sedikit berubah, iblis sangat suka membuat kerusakan dan membunuh manusia. Ketika jumlah iblis semakin banyak, mereka mengklaim wilayah disekitar pegunungan berkabut dan mendirikan kerajaan iblis Makai. Manusia sendiri tak berdaya untuk melawan karena iblis memiliki kemampuan yang aneh-aneh dan kekuatan fisik diatas rata-rata manusia.
Sampai 100 tahun kemudian, Tuhan menjawab doa-doa manusia yang teraniaya. Di 7 tempat berbeda di bumi tumbuh pohon yang apabila buahnya dimakan akan memberikan kekuatan yang luar biasa yang disebut chakra. Dengan chakra inilah manusia mampu melawan iblis-iblis tersebut. Para pengguna chakra disebut ninja, sedangkan ilmu yang mempelajari chakra disebut ninjutsu.
Ninja dibagi menjadi 8 tingkatan berdasarkan tingkat kemampuan mereka:
Petarung kelas Dasar (D)
Petarung kelas C
Petarung kelas B
Petarung kelas A
Pendekar tingkat 1
Pendekar tingkat 2
Pendekar tingkat 3
Master
Namun diatas itu semua ada satu tingkatan lagi yang bukan tingkat resmi tapi lebih merupakan gelar kehormatan yaitu 'Emperor'. Gelar ini pertama kali disematkan oleh seluruh Master dunia ninja kepada 2 ninja legendaris atas jasa-jasa mereka dan kekuatan mereka yang luar biasa dalam melawan iblis. Mereka berdua adalah Hashirama Senju dan Uchiha Madara.