Résumé des épisodes précédents :
-Markus, un traqueur wraith, originellement capturé par l'équipe de Sheppard, a trahi les siens et est entré au service d'Atlantis, dans le seul et unique but de rester au côté de Rosanna Gady, une artiste terrienne venue sur la cité pour comprendre pourquoi, depuis sa plus tendre enfance, elle peint des symboles Anciens.
Durant un an et demi, leur amitié ne fait que se renforcer, mais Markus finit par fuir la cité avec l'accord de Weir et la complicité de la soldate Milena Giacometti, afin de protéger Rosanna de son influence qu'il juge, à tort, néfaste.
-Six mois plus tard, Rosanna, Milena et près de cinquante autres atlantes sont capturés par des wraiths et offerts en cadeau à Silla, l'ancienne reine de Markus, qui leur voue une haine féroce.
Sur la ruche de cette dernière, Rosanna retrouve Markus, que ses anciens frères torturent depuis des semaines en vain. Elle y rencontre aussi Pierre, un scientifique alien fasciné par les humains et qui semble avoir une certaine curiosité pour elle, ainsi que Tom, un enfant wraith qui les aidera à s'échapper.
Au prix de lourdes pertes, ils parviennent à fuir, et afin que le Dart contenant la vie de plus de cinquante prisonniers puisse s'éloigner de la ruche, Markus décide de se sacrifier en restant en arrière, Rosanna l'imitant, à sa plus grande horreur.
Silla, une fois de plus humiliée, ne les tue pas, mais sur une suggestion de Pierre, les transforme en coureurs, pendant que Milena et les autres survivants rentrent sur Atlantis avec le petit Tom qui s'est glissé subrepticement dans le cockpit du chasseur.
-Durant deux ans, Markus et Rosanna parcourent la galaxie, la moitié des traqueurs wraiths sur leurs traces, Silla ayant mis la plus grosse prime jamais offerte pour des coureurs sur leur tête : un croiseur de guerre avec son équipage.
Pendant ce temps, Milena, aidée de Jin'shi, une archéologue de la race Irän - des insectoïdes pacifiques, lointains cousins des wraiths -, élève Tom, d'abord sous la protection d'un immense bouclier Ancien, où ils sont rapidement rejoints par la tribu de Sama, derniers survivants de l'extermination de leur peuple par les wraiths, puis, plus tard, dans le village d'Estain, sur la planète Oumana, lorsque Tom, devenu adolescent, doit commencer à se nourrir d'énergie vitale.
-Parallèlement, Delleb, une reine wraith poussée par des visions divines, abandonne sa ruche et part à la recherche d'un mystérieux symbole, accompagnée seulement de Zil'reyn, son fidèle commandant, et de l'esclave personnelle de ce dernier, la jeune Azur.
Durant de longs mois, ils errent de planète en planète, en vain, croisant par trois fois la route de Markus et de Rosanna. Finalement, Delleb réalisera que le symbole qu'elle cherche, Rosanna le porte sous la forme d'un vaste tatouage dorsal : elle décide donc de coller au train de l'humaine, bien qu'elles aient de la peine à se supporter.
-Rosanna, qui vient tout juste de retrouver sa liberté grâce à Kenny, le lieutenant de Todd, apprend qu'Atlantis a quitté Pégase pour la Terre, l'excentrique capitaine détenu à bord. Simultanément, ils retrouvent Milena, Amanda et Dampa Kang, qui vivent à présent sur Oumana en compagnie de Tom après avoir refusé de quitter la galaxie en les abandonnant derrière.
Pendant ce temps, sur Terre, Sheppard, McKay et Todd mettent sur pied une vaste mystification afin de renvoyer Atlantis dans Pégase malgré le refus de la Commission.
Dans Pégase, sur Oumana et sur l'impulsion conjointe de Rosanna et de Milena - soutenue par Delleb -, une étrange expérience sociologique qui prend le nom d'Ouman'shii naît de la fragile alliance entre des wraiths et des humains.
Poussée par la nécessité et un odieux chantage de Pierre - le wraith qui lui a implanté son traceur sur la ruche de Silla -, Rosanna est forcée à affronter l'ancienne reine de Markus qu'elle parvient à vaincre au prix de lourds sacrifices, gagnant son trône et un vaste territoire qu'il lui faut à présent défendre, ainsi que plus de mille wraiths à convertir à la philosophie ouman'shii.
-De difficultés en alliances, les choses avancent, et petit à petit, ce qui était un pari dément prend la forme d'un rêve viable, qui ne cesse de grandir et de se renforcer.
Delleb sans reprendre son rôle de reine, s'intronise grande régente, et guide d'une main experte les wraiths de Silla vers un tout nouveau mode de vie.
Consciente de ses propres limites, l'antique reine tente d'apprendre à cohabiter avec les humains, prenant sur elle pour supporter les incompréhensibles excentricité de Rosanna Gady, observant avec scepticisme Milena Giacometti adopter la dernière larve survivante des couvains de Silla, et un de ses propres fils se lier de la plus charnelle des manières avec la Terrienne Amanda Strauss.
Si elle est en désaccord sur de nombreux points avec l'artiste, Delleb adopte rapidement sa politique méritocratique qui s'avère faire merveille parmi les wraiths de Silla, permettant à la flotte vieillissante de rattraper lentement mais sûrement son retard sur le reste des wraiths, les surpassant même sur certains points grâce aux vaisseaux hybrides de l'ingénieur manchot mais génial déniché par la Terrienne : Léonard.
Lorsqu'elle apprend que les veilleurs postés sur Oumana ont capturé une équipe d'une Atlantis de retour dans Pégase, Delleb ne résiste pas à l'envie de les rencontrer seul à seul afin de tenter de percer quelques-uns des mystères des Terriens. Cela ne conduira qu'à plusieurs tentatives d'évasion ratée de l'équipe de Sheppard, quelques drones morts et toute une section de la ruche détruite dans une explosion. Face à la ténacité des humains, Delleb est contrainte de faire tourner court son expérience et fait venir en urgence Milena Giacometti et son équipe afin qu'elle calme ses congénères, permettant leurs retrouvailles.
Peu de temps après, Rosanna Gady, qui était partie pour une mystérieuse mission à bord de l'Utopia, revient, visiblement ravie, et c'est avec un intérêt très scientifique que la reine assiste au dîner de réunion des Terriens.