NERV, antigua organización secreta la cual se creía encargada de defender la raza humana, contra el ataque de los ángeles asía la humanidad y supuestamente causantes del primer y segundó impacto.
Ángeles, criaturas celestiales enviadas para desatar el tercer impacto (Esta es la verdad de Guendo Ikari).
Rei Ayanami y Kaworu Nagisa ángeles enviados con la exclusiva misión de evitar o crear el tercer impactó. Sesión que deben tomar los niños elegidos. Aprender a superar sus miedos y vivir con ellos. Dar una segunda oportunidad a la humanidad.
Han pasado catorce años desde la batalla final y casi nadie recuerda la organización. El la ultima batalla Shinji es asaltado con sus dudas y no puede pelear, Misato, Ritsuko y Guendo el gran traidor a la humanidad han muerto, Rei es un ángel que no esta dispuesta a cumplir más las ordenes del Comandante Ikari y se convierte en un ángel volviendo su verdadera naturaleza,
Kaworu reaparece como la otra mitad de Rei y Explican a Shinji la verdadera naturaleza de sus seres y el por que de la batalla final. Y aprende a vivir si vida como una persona normal.
Mientras por otra parte Asuka se decide pelear con todas sus armas y fuerzas hasta el final.
Por un poco más y casi muere durante la batalla, la han encontrado desmayada sin conocimiento un brazo fuertemente lesionado, ha perdido la memoria, con el paso de los meses solo pudo recobran gran parte de sus recuerdos.
SEELE ha desintegrado totalmente la organización de NERV. Todos los pilotos han sido entregados por el estado a familias a adictivas a e sección de dos. Y no devén mantener comunicación entre ellos.
Solo la parte de Rei Humana se ha quedado en la tierra, conviviendo su vida como una humana. La párete de Kaworu ha desaparecido y Rei no recuerda nunca a ver sido un ángel.
Catorce años después…
