Misato accede a llevarle a NERV, pero sólo con la condición de no volverle a ver nunca más en su vida. Shinji sabiendo que esa no sería la última vez que se encontraría con Misato, accede. Al ingresar a NERV pide hablar con Gendoh Ikari, su padre, luego de varios minutos de discutir si era seguro dejar entrar a un externo a NERV, lo permiten. Al entrar en la oficina de Gendoh, este no muestra el más minimo interés en lo que Shinji ha venido a decirle. Luego, llama a Seguridad para que retiren a Shinji de la habitación. Shinji no podía creer la reacción de su padre, pero en realidad esa reacción era bastante usual en Gendoh. Shinji sabía cuando atacarían todos los Ángeles, si todas las fechas mantenían sus cronologías aunque él no estuviese piloteando el Eva01, entonces Shinji corría con una ventaja sobre su padre, eso creía él, todo era diferente de la primera vez que luchó en contra de los Ángeles, todo había cambiado. Ser uno para no dañarse, ¿no era eso lo que él había pedido?...