Por todo lo sucedido, Shinji estaba comenzando a tener cambios en su actitud, ya no era tan pesimista como antes, aunque siempre una gota de escepticismo queda, pero ahora era más frío, y muchos de sus sentimientos parecían haberse desvanecido. Una noche decidió ir en busca del Eva01, por mucho que en el pasado él hubiese odiado luchar en contra de los Ángeles, algo dentro suyo lo incitaba a tomar esa decisión, algo que parecía no ser natural. Él estaba completamente seguro que podría re-programar al Eva01 para que estuviera bajo sus ordenes, ya que en ese Eva reposaba el alma de su madre, Yui Ikari, ¿y quién mejor para ayudarle qué su madre?. Esa noche fue al Apartamento de Misato para robarle su ID Card y lograr acceso a NERV, todo estaba saliendo exactamente como él lo había planeado. Al entrar en la recamara dónde contenían los Evas oye unas voces, unas voces que minuto a minuto se vuelve más cercanas, eran las voces de Rei y Asuka, al encontrarse con Shinji, ellas le dijeron algo que lo dejo boquiabierto, le dijeron que ellas recordaban lo sucedido, las batallas contra los Ángeles, todo. Ya era el 2do día desde que Shinji Ikari, en otro Universo, se había convertido en el Piloto del Eva01.