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Capítulo 4: Corporaciones
Sam Fisher es agente de una sección de la Agencia de Seguridad Nacional, llamada Third Echelon, y sus misiones son siempre enfrentarse a amenazas terroristas, él era la segunda opción que iría a investigar en Shadow Moses, después de Solid.
Él habló con Naomí Hunter respecto al caso para entender mejor lo que ocurría en esas instalaciones, donde descubrió que un grupo perteneciente a FOXHOUND se había apoderado de Shadow Moses y puso en marcha el proyecto de ArmsTech.
Naomí pertenece a FOXHOUND, sin embargo los que rechazaron la idea de rebelarse y apoderarse de Shadow Moses (Solid y Naomi, entre otros) decidieron que debían detenerlos, por lo que fue Solid Snake, dirigido por el Coronel Roy Campbell.
Para el momento en que estaban hablando Solid ya había logrado detener a todos los que se habían rebelado, enfrentándose a su propio hermano, Liquid Snake.
Algo que Solid le dijo a Naomi antes de partir hacia Raccoon era que varios de los soldados se dirigieron a otra corporación, llamada Aperture Science, la misma que hace poco sufrió una gran emergencia.
Cuando terminaron la conversación Naomí fue arrestada debido a que descubrieron que le había inyectado algo para matar a Snake, todo por venganza al creer que fue el asesino de Big Boss.
Sam Fisher escuchó atentamente cada palabra de Naomi, sin embargo esto no era parte de su interés, sino que era el encargado de averiguar si ese lugar necesitaba que, después de los rumores, Fisher fuera; no obstante lo que le dijo Noemi antes de terminar la conversación llamó su atención, ya que Aperture Science, según sabía, causó la muerte de todos los que estaban dentro de él.
Avisó a Third Echelon de su misión y se encaminó a Aperture Science, tomando todas las armas que creía necesarias. Aunque el Third Echelon le tenía una sorpresa, su hija había venido a saber del trabajo de su padre, cuando se encuentra con él en persona.
−¡Padre! Te extrañé mucho, no sabía cuándo volverías – la hija lo abraza, sintiéndose al fin protegida.
− Sarah, no te preocupes, estoy bien, siempre estaré contigo.
El en todas las misiones piensa en ella y lamenta la pérdida de su ex-esposa Regan Burns, con quein se divorció y luego murió de cáncer.
Su hija tiene el nombre de Sarah Burns Fisher (los apellidos son producto del divorcio que sufrieron) y siempre está preocupada ya que sabe que el trabajo de su padre es muy peligroso y en cualquier momento podría morir.
La única persona que quedó con vida dentro de Aperture, aparentemente, era Chell, una mujer que se encuentra en una "cámara de relajación", dormida y esperando para lo que GLaDOS tenía planeado para ella.
En Aperture Science se fabricaban muchas cosas, pero lo más importante era un Portal que permitía viajar de un lugar a otro instantáneamente. Chell deberá probar, a través de pruebas, el funcionamiento de aquella arma de portales.
En el día "Trae a tu hija al trabajo" varios trabajadores activaron una inteligencia artificial que haría el trábajo mucho más simple para todos, y tendría el control de toda la corporación. Sin embargo no sabían lo que estaban haciendo, y para estar seguros de que no era nada peligroso le pusieron algunos módulos, además para pder controlar su trabajo.
El accidente que ocurrió al interior de los laboratorios es la muerte de la mayoría de los trabajadores de parte de GLaDOS, quien decidió inundar, sin ninguna explicación, todas las instalaciones de neurotoxina.