Tres años han pasado desde el incidente de Akuma sobre Ciudad Central en Zelkova, pero un nuevo enemigo se alza ante Raiko y sus amigos, un enemigo que duerme en las entrañas más profundas de Zelkova. Raiko esta vez deberá hacer frente a la pregunta que ha estado eludiendo todo este tiempo: ¿dónde están los límites de su aura? (PokeSpe no me pertenece.)

Un nuevo curso comienza en la prestigiosa Academia Pokémon, en Tokio. Taiyou, un chico impulsivo y fuerte, y Naki, una chica educada y algo fría, se ven embarcados en una senda de destinos que quieren seguir... pero todo empieza por el torneo Dios Pokémon.

Los Dex Holders están recibiendo información de una extraña organización perteneciente del archipiélago de Xaknhou. Dos nuevo Dex Holders se unirán a las filas para investigar esos extraños datos y para saber que se esconde detrás del Team Legion y sus intenciones.

La malvada organización del Team Darkness, busca las llamadas legendarias "Gemas de Arceus" para abrir la Puerta Milenaria... la puerta que conecta el mundo Pokémon con el mundo de la oscuridad... pero no cuentan con que un joven chico de 16 años, de gran valor y mucha fuerza de voluntad, ha sido encomendado por el mismo Arceus a proteger dicha puerta. (PokeSpe no me pertenece.)