Tras derrotar a XANA, la paz vuelve a las vidas de nuestro héroes,pero esa paz durará poco. Una vez más , tendrán que hacer frente a una gran aventura llena de peligros y emoción en un mundo distinto al que conocen y con un rival cuya existencia se remonta a los albores del tiempo.

X.A.N.A ha sido derrotado, pero el mal que ha hecho sigue estando muy presente, especialmente en William, quien no puede evitar sentir que la confianza con los Guerreros Lyoko no es la misma desde que le liberaron de X.A.N.A. Por consiguiente, el rebelde adolescente admite que no dudaría a la hora de vengarse de X.A.N.A. Y al parecer, X.A.N.A tampoco. (WxX)

Han pasado varios años desde que X.A.N.A. fuese derrotado. Ahora los guerreros de Lyoko se reunen de nuevo, pero ¿será todo tan tranquilo como debiera? UxY, JxA, OxS

Un año después de haber apagado el superordenador, los chicos tienen "vidas normales", hasta que llega Crystal, una chica que al principio parece normal, pero esconde más de un secreto. Y eso no es todo... Alguien quiere acabar con los chicos y con Lyoko de una vez por todas. OddxOC, AelitaxJeremie y UlrichxYumi