Cuando los Aliens invaden la tierra, el proyecto XCOM es activado en un intento desesperado para detener la incursión y salvar a la humanidad. Con pocas opciones, el consejo elige al unico que hara lo que sea necesario para defender a la humanidad. El criminal de guerra conocido como El Comandante debe reunir a los defensores de la Tierra mientras enfrenta a sus enemigos en la ONU.