Han pasado dos años desde el final de FiM con la revelion de los unicornios, Twilight se convierte en tutora de magia de un pequeño unicornio, mientras poco a poco comienza a descubrir la verdad que oculta la princesa Celestia.

twilight tiene un sueño recurrente en el cual hace un contacto con un ser de otro mundo, este contacto hara que ponyville y sus alrededores se estremescan.