Léo vient de revenir d'un entraînement au japon, mais il découvre que rien ne va plus au repaire. Splinter a disparu, Mikey et Donnie ont l'air de lui cacher quelque chose et Raphael... Et bien Raphael n'a pas changé du tout. C'est toujours la même tête brûlée qui explose à la moindre contrariété. Et d'ailleurs pourquoi est-il aussi obsédé par Léo, depuis son retour ?