Han pasado 3 años desde que las Tortugas los regresaron a su época desde el año 2105, Cody y Amy tratan de construir otra máquina que les permitiría ir al pasado y poder regresar fácilmente cuando ellos quieran, Cody llega al pasado de sus amigos y los demás junto con Serling terminan en un pasado pero en otra dimensión. Crossover: TMNT 2003 con los TMNT 2012 segunda temporada.

La alianza Shinobi ha triunfado sobre Kaguya. Los lazos de amistad entre Sasuke y Naruto han trascendido a la nueva familia que formaron con Sakura y Hinata. Sin embargo, pronto el Séptimo Hokage y el líder del clan Uchiha se darán cuenta que hay problemas que fueron desenterrados. Amenazas mucho mas peligrosas que la misma Kaguya Ōtsutsuki. Y todo inicia con un nuevo Dōjutsu.