Naruto échoua à empêcher Madara d'utiliser le Mugen Tsukuyomi. Pourtant, malgré avoir été piégé dans les racines du Shinju, son esprit n'est pas soumis à l'illusion éternelle. Au lieu de cela, il découvre que le monde est figé dans le temps. Contacté par l'inconscient de l'arbre divin, ce dernier lui demande son aide pour rétablir l'ordre des choses...