Un año después de haber apagado el superordenador, los chicos tienen "vidas normales", hasta que llega Crystal, una chica que al principio parece normal, pero esconde más de un secreto. Y eso no es todo... Alguien quiere acabar con los chicos y con Lyoko de una vez por todas. OddxOC, AelitaxJeremie y UlrichxYumi

Han pasado mil años desde que el primer Steve llego a la tierra de Minecraft, pero la tierra ha cambiado de líderes, los Steves han caído y solo queda una luz que lleva el nombre de Yajirushi quien deberá mejorar el mundo aún con todo en contra