Después de la derrota de Ganondorf, Zelda y Link han llevado a cabo una relación romántica, cuando descubren que estará a punto de llegar una nueva vida para esta pareja, la cual están realmente felices por su llegada. Pero un nuevo villano estará por aproximarse y eso podría poner en peligro la vida de Link, Zelda y del futuro heredero de Hyrule.