Sekelompok organisasi teroris internasional yang tidak bisa di deteksi memaksa Negara HI mengutus beberapa Agen untuk melacaknya. Namikaze Naruto menerima tugas itu, setelah mendapatkan sebuah informasi, tanpa dia sadari, Naruto telah menjadi target untuk dilenyapkan oleh 'mereka'. Siapa mereka? Apa Naruto sanggup memecahkan semua misteri dalam organisasi itu?