La lucha de la Orden de los Asesinos y la Orden de los Templarios en el siglo XX.

Cinco años pasaron de la Cuarta Guerra Ninja, que atemorizo al mundo entero. La victoria de la Alianza Shinobi trajo la paz y la armonia en las naciones. Pero ahora, parece que un nuevo enemigo amenaza acabar con ello. Y el enemigo no es otro que alguien oculto dentro de la misma Alianza. Una nueva guerra entre Aldeas se aproxima. ¿Aliados o enemigos?