Ya han pasado casi cuatro años desde que los Niños Elegidos derrotaran a Apocalymon y ahora ya no son los chicos que solían ser, pues ahora combinan la lucha en el mundo digital con los problemas típicos de la adolescencia. Sin embargo, los acontecimientos que les sucederán les prepararán para la gran lucha final de la que dependerá el devenir de los dos mundos.