Han pasado más de 5 años desde que Twilight Sparkle fue nombrada princesa sucesora del trono de Celestia y Luna. Durante ese periodo Twilight se enfrentó a muchos obstáculos y enemigos, como también gano a nuevos amigos, ahora 5 años después de esos eventos se acerca un gran reto uno de los mas grandes de toda Equestria y junto a el un mal mas peligrosos volverá a resurgir

Tras su humillante derrota frente a Starlight Glimmer, la reina Chrysalis vaga sola por los desiertos de Equestria, en dónde un unicornio misterioso se ofrece a ayudarla en su venganza contra las princesas de Equestria. Ahora Starlight deberá volver salvar a su Tierra y por ello emprenderá un viaje para buscar una importante aliada en su lucha contra la Reina y así detenerla.

Equestria se convirtió en victima de una tremenda apocalipsis provocada por una batalla muy cruel. Rainbow Dash es la última sobreviviente y hará todo lo posible por encontrar una vida nueva. Sin embargo, cree que sus amigas aun se encuentran vivas y están perdidas en alguna parte. Pero su búsqueda la llevara mucho mas allá de sus límites.