Depois de um grande mal cair sobre Konoha, Sakura decide fugir e se aliar a um grupo de rebeldes. Um ano após a junção do grupo uma "missão" acaba resultando na união deles com a Akatsuki. Assim como yin e yang essa parceria vira uma ótima combinação. Muitos mistérios cercam essa história, e as peças soltas no passado começam a se encaixar.