Le 7 juillet 777, les dragons ont disparus mystérieusement sans laisser de trace, abandonnant les humains dont ils devaient s'occuper.
L'un d'entre eux, Natsu, a erré afin de retrouver celui qu'il considère comme son père. Ses pas l'ont guidé vers une guilde de mages : Fairy Tail.
Très vite, il a évolué au sein de cette guilde et en est devenu l'un des membres les plus connus.
Il rencontre la mage constelationniste Lucy lors d'une expédition pour chercher Ignir, son dragon. Il l'a conduit à la guilde cette dernière voulant la rejoindre.
C'est alors que s'ensuit une série d'aventures en cascade.