Pendant que la Nightmare Team (Mewtwo Bowser Ganondorf) lançait son invasion, que faisaient Fox et Falco? Une fois atterris sur l´île DK, ils préviennent Donkey des mauvaises intentions du trio. Ce dernier décide de les guider vers un vieux copain à lui, Mario. Une fois ce dernier et Peach prévenus, tout le monde réfléchissait pour un moyen de transport pour poursuivre le Destination Finale, la station du trio maléfique.

Falco: Pourquoi pas le Great Fox? Ca sera un point de rendez-vous assez grand pour accueillir de nombreux héros, on pourra préparer nos plans de contre-attaque, et grâce aux hangars, on pourra envoyer plein de vaisseau sillonner l´univers.

Fox: Bonne idée! Qu´en pensez vous les autres?

Mario, Peach et DK sont également d´accord. Mais pour avoir le Great Fox, il faut retrouver le système Lilat. Falco décide de reprendre son vaisseau à la recherche du Great Fox. Fox reste sur l´île DK.

Pendant ce temps, quelque part dans la Fédération Galactique:

Réceptionniste: Bonjour, Monsieur! Je peux vous être utile?

Visiteur: Je voudrais voir le général Adam Malkovich.

Réceptionniste: A quel sujet?

Visiteur: De la planète Zèbes.

Réceptionniste: Ah oui! Le général vous attend.

Le réceptionniste guide alors le visiteur au sommet du gratte ciel où se trouve le général.

Malkovich: Donc, si je comprends bien, vous me demandez l´autorisation d´explorer une zone de Zèbes.

Visiteur: C´est exact. Cette zone ci en particulier.

Malkovich: Hum, le secteur A20K. Il y a eu des troubles récemment.

Visiteur: Je sais. Je voudrais également une équipe scientifique pour étudier ce secteur.

Malkochich: Bon d´accord, mais une condition. (il appuie sur un bouton) Amenez moi Samus Aran, je vous prie.

Visiteur: Samus Aran?

Malkovich: C´est notre meilleure chasseuse de primes. C´est elle qui a découvert les trouble du secteur qui vous intéresse. Je vous laisse étudier cette zone, à condition d´être sous sa surveillance.

Visiteur: Bien!

Une fois informée, Samus conduit l´équipe scientifique et son étrange chef sur Zèbes. Samus part en éclaireur pour vérifier si la zone est sûre. De retour au vaisseau, elle voit toute l´équipe scientifique tuée. Mais il manque le chef. De retour dans les ruines de la base, elle retrouve le chef qui n´était d´autre que...Ganondorf.

Ganondorf: HAHAHA! Merci de m´avoir guidé jusqu´ici. Ce lieu fera un excellent QG.

Samus: Tu est donc de mèche avec cette créature qui a construit cette base.

Ganondorf: En effet. Mais avant toute chose, je dois éliminer tout témoin.

Bataille:

-Personnages: Samus contre Ganondorf (niveau 9)

-Arène: Brinstar

-Objets: Tous

-Mode: VS MODE-Melee- Survival-5 vies

Si vous perdez: Game Over

Si vous gagnez:

Ganondorf: Ouch! Mewtwo avait raison. Tu es vraiment forte.

Samus: Mewtwo! Enfin, je connais le nom de cette créature.

Ganondorf: Ca ne t´avancera à rien. Tu as gagné aujourd´hui mais on se retrouvera.

Ganondorf s´empare du vaisseau de l´équipe scientifique et s´enfuit. Samus prend le sien et se lance à sa poursuite.