La fin des Jedis, si ça ne l'était pas, c'était à cela que ça ressemblait. Partout dans la Galaxie, les soldats clones de la grande armée de la république prenaient pour cible leurs généraux et amis, les chevaliers et maitres de l'ordre Jedi. Sur Utapau, le premier monde touché par l'ordre, un blindé clone du 212ème bataillon d'attaque ouvrit le feu sur le maitre Jedi Obi-Wan Kenobi, le poussant à une chute vertigineuse dans un des puits de la planète. Sur Mygeeto, le maitre Jedi Ki-Adi-Mundi fut abattu par le commandant Bacara et les clones du 21ème corp Nova ou Marines Galactiques. Dans les cieux de Cato Neimoidia, maitre Plo Koon se fit abattre en plein vol par ses hommes du 104ème bataillon. Sur Felucia, le Padawan Jedi Ekria se trouva sous le tir direct d'un blindé clone alors qu'elle était encore en train de découper des droïdes, puis ce fut au tour d'Aayla Secura de se faire tirer dans le dos par son ami le plus proche : le commandant Bly escorté de ses soldats du 327ème corps Stellaire. Le commandant Gree du 41ème bataillon d'élite trouva tout de même la mort sur Kashyyyk, des mains de Yoda qui avait pressenti la trahison des clones. La tête du commandant roula sur le sol, et le Maitre Jedi quitta les lieux avec Tarfful et Chewbacca. Néanmoins les clones parvinrent à abattre le maitre Jedi Luminara Unduli qui était encore sur la ligne de front en compagnie de Quinlan Vos qui tomba lui aussi sous les tirs de leurs propres troupes.

Sur Coruscant, Anakin Skywalker devenu Dark Vador accompagné de sa moitié de 501ème, menée par le commandant Appo, taillais en pièces les Jedis du temple. Le massacre était tel, que quasiment aucun survivant ne sorti du temple, Vador laissa derrière lui son ancien foyer en proie aux flammes, ainsi qu'un contingent de clones chargés de surveiller la zone et d'abattre les Jedis retardataires.

Ce fut sur Felucia que le tout premier dysfonctionnement des puces eu lieu, immédiatement après avoir exécuté l'ordre soixante-six, le commandant Bly retira son casque et le jeta au sol, il tomba à genoux en regardant la Twi'lek sur laquelle il venait juste d'ouvrir le feu à bout portant, son visage commençant à se tordre de douleur et de chagrin, les autres clones regardèrent leur commandant et comprirent très vite, ils ressentaient la même chose. Ils commencèrent tous à retirer leurs casques et le jeter aussi.

« Aayla… Qu'est-ce qu'on a fait ?! » Hurla Bly.

« C'est comme-ci… C'était impossible de résister commandant. » Répondit un des clones.

« Je jure que celui qui nous a contraint à l'abattre va le payer ! » Tonna le commandant.

Un des proches officiers du commandant, le lieutenant Galle s'approcha du corps du chevalier Jedi. Il posa sa main sur son coup pour prendre son pouls, il porta instinctivement la main à son fusil DC-15, mais le visage de son commandant et de ses frères le ramena à l'ordre. Il regarda son supérieur.

« Mon commandant. Elle est encore en vie. Très faible, mais en vie. » Déclara le lieutenant.

Bly retrouva un peu espoir, il se leva et ordonna l'arrêt de tous ses hommes. Même si cela ne servit à rien. Le vaccin visant à renforcer les puces, n'avait fait que raccourcir leur effet sur tout son bataillon, ses hommes c'étaient déjà arrêtés.

« Placez-la immédiatement dans une cuve de Bacta ! On retourne au Vénator et on quitte cette planète ! C'est un ordre ! »

Les clones obéirent sans poser la moindre question, le général Secura les avait toujours traités comme des frères. Tous avaient aussi été témoins de la proximité entre la Jedi et leur commandant, de folles rumeurs ayant d'ailleurs souvent circulé sur ces deux-là. Ils placèrent délicatement la femme sur qui ils venaient juste de tirer, sur un brancard et la chargèrent dans une canonnière envoyée pour les évacuer. Ils abandonnèrent la planète aux séparatistes, cette manœuvre de repli rapide leur couta cher en hommes. Mais le commandant était désireux de sauver leur générale qui avait toujours été là pour eux. L'amiral qui commandait leur destroyer était bien entendu en désaccord avec eux, mais Bly lui fit comprendre que c'était ça ou finir par un sas. L'officier de commandement déclara alors son allégeance envers l'acte du chancelier Palpatine. Bly qui n'était plus à une action dictée par ses tripes près, dégaina son pistolet et abatis l'homme d'un tir dans la tête, sans sommation. Quand leur appareil et ses deux escorteurs quittèrent enfin Felucia pour partir en hyperespace, le commandant s'en alla vers la cuve d'Aayla Secura. Elle y avait été déposée avec pour seuls vêtement des morceaux de tissus couvrant ses parties intimes, le clone s'assit devant la cuve, restant muet. Il regrettait au plus haut point son geste, même s'il savait qu'il n'y était pour rien, ses émotions allaient en permanence de la culpabilité à la colère envers celui qui l'a forcé à agir ainsi, en passant par l'angoisse de ne jamais voir son amie se réveiller.

Sur Coruscant, le dysfonctionnement eu aussi lieu dans la garde planétaire du commandant Fox, les clones retrouvèrent rapidement leurs pensées. Mais là les choses étaient différentes, un affrontement eu lieu entre soldats, certains loyaux aux jedis, prirent les armes pour aller les défendre, ils furent en grande partie arrêtés par les clones loyaux au chancelier. Fussent-ils de la garde Coruscanti ou de la 501ème Légion, ils abattirent leurs propres frères qui regrettaient leur geste. Dans la cohue des combats, ils ne remarquèrent pas l'Acclamator manquant. L'ARC trooper Fives qui était sorti de sa planque dans les niveaux inférieurs était venu à la rencontre de ses frères regrettant leur geste. Aidé par le récemment promu Hound au rang de lieutenant, il parvint à s'emparer d'un Acclamator pour permettre aux soldats de la garde de Coruscant et de la 501ème de fuir leurs frères qui massacraient tous ceux regrettant l'ordre soixante-six. Le lieutenant de la garde était pourtant l'un de ceux à avoir participé à la traque d'Ahsoka Tano, mais l'ordre de massacre des Jedis lui ouvrit les yeux et il comprit qu'au final la Togruta et son ancienne amie Miriallanne avaient peut-être raison.

A différents autres endroits de la galaxie le dysfonctionnement eu aussi lieu, les clones endoctrinés depuis leur plus jeune âge à l'obéissance restèrent tout de même majoritairement du côté du chancelier Palpatine. Mais d'autres, par l'influence que les Jedi eurent sur eux, avaient développé un libre arbitre et des personnalités fortes. Ce fut le cas du Lieutenant Boil du 212ème bataillon qui faussa compagnie au commandant Cody avec d'autres clones, il s'autoproclama capitaine et vola un des Vénators de l'Open Circle avec des clones toujours fidèles aux Jedis. Il fut rejoint par des Marines Galactique regrettant le général Mundi ainsi que quelques membres du 41ème corps d'élite lors de son passage près de Kashyyyk. Sur Saleucami, le commandant Neyo du 91ème corps de reconnaissance venait de tuer son général : Strass Allie. L'un de ses proches capitaines : Razor qui n'avait guère aimé cette trahison, malgré les puces, alla demander des comptes à son commandant en retrouvant ses esprits. La discussion tourna à l'affrontement et Razor abbatit son commandant de sang-froid et s'en alla avec des clones toujours fidèles aux Jedis, en chemin ils tombèrent sur le lieutenant Gaffa de la 38ème division d'ingénierie, ce dernier était lui aussi sous le choc avec plusieurs de ses hommes. Le capitaine décida alors d'emmener le lieutenant et ses hommes avec lui, espérant trouver un commandant clone quelque part qui aurait ouvert les yeux sur toute cette folie.

En définitive, l'Ordre soixante-six avait quasiment totalement décimé les Jedis, mais l'espoir demeurait toujours pour certains. Et des clones, ayant reçu une influence significative des Jedis, c'étaient eux aussi révolté à la suite de cette infamie.