Jiraya es un niño de 12 años huérfano y sin clan de cabello corto y blanco un niño genio en el trabajo duro y la creatividad ya que logró crear un jutsu para hacerse invisiblef pero solo lo usaba para espíar a las mujeres en las aguas termales, está en un equipo gennin con sus compañeros gennin una de los últimos miembros del clan Senju, Tsunade Senju una niña hermosa de 12 años de cabello largo y rubio, Orochimaru un niño de 13 años, piel pálida de color largo y negro, y su Sensei el tercer hokage Hiruzen Sarutobi, el pequeño Jiraya que estaba enamorado de su compañera de equipo, pero ella solo lo rechazaba, hasta que un día llegó al monte Myoboku lugar donde los sapos le permitieron firmar su contrato de invocación, Fukasaku decidió enseñarle senjutsu para convertirse en un sabio sapo.

1 año de entrenamiento después Jiraya, había aprendido las bases para aprender senjutsu pero aún le faltaba mucho, aun así el mejoró como shinobi, el siguió alternando entre entrenar con los sapos y sus misiones en la aldea de Konoha, así pasaron los meses hasta que un día recibió un llamado del gran sabio sapo Gamamaru, él le dijo que tuvo un sueño donde Jiraya ayudaba a un niño que traería la paz al mundo, también le dijo que para que haya una verdadera paz debían sobrevivir los descendientes del sabio de los 6 caminos, Jiraya solo se le ocurrió preguntar a Mito Uzumaki la abuela de su compañera Tsunade sobre la descendencia del sabio de los 6 caminos, increíblemente Mito le dijo que los descendientes son los Uzumakis, los Senju y los Uchiha, Jiraya se prometió en cuidar de ellos y empezó a aprender de fuinjutsu con Mito formando una amistad con la familia Senju y así mejorando su relación con Tsunade, después de 1 año de entrenamiento en senjutsu y en fuinjutsu mientras entrenaba Jiraya conoció a una hermosa mujer de piel clara, ojos prelados sin pupilas, cabello negro azulado de nombre Ukyo Hyuga de quien se enamoró, sin embargo bajo amenaza de que su novia moriría en un accidente Jiraya aceptó la misión de sabotear las defensas del clan Uzumaki en el país del remolino para que sean exterminados por la alianza de las aldeas de Kiri, Iwa, Kumo y Suna, a su vez Jiraya iba por la que sería la próxima jinchuriki de la Kyubi, Kushina Uzumaki.

Jiraya con gran pesar pasó a revelar la verdad razón por la cuál fue enviado Ashina Uzumaki al darse cuenta de que no mentía guardó todos los sellos que, todas las espedas especiales y toda la tesorería en pergaminos de almacenamiento mientras los Uzumaki resguardan a los niños de 12 años o menores en un refugio con un baño, comida y agua suficiente para 1 mes, después de que Jiraya llevó a Kushina a Konoha, Uzusihogakure fue exterminada pero con grandes bajas ya que de cien mil ninjas contra dos mil ninjas del clan Uzumaki eliminando a todos atacantes, 2 semanas después de la destrucción de Uzusiho Jiraya regresó para cumplir su parte del trato y entró al refugio para poner a los niños a salvo y fue ahí cuándo decidió hacerles firmar el contrato de los sapos para después llevarlos al monte Myoboku y ahí entrenarlos en las artes shinobi con el permiso de Mito, con ayuda de Tsunade a quien Jiraya le enseñó su jutsu de invisibilidad, Jiraya se enteró que Hiruzen planeaba matar a su novia Ukyo en una falsa misión fuera de la aldea, pero Jiraya la salvó a tiempo cuándo sus propios compañeros de misión la estaban atacando, después de salvarla Jiraya la llevó al monte Myoboku para manterla a salvo, después de la supuesta muerte de su amada Ukyo, Jiraya se fue a espiar a las otras aldeas lo que Hiruzen no sabía es que Jiraya lo iba a espíar a el, enterandose que Hiruzen planeaba matar a Nawaki ya que al morir Mito moriría de tristeza, pero Jiraya salvó a Nawaki, dejando un cuerpo falso con el collar que Tsunade le entregó a su hermano, Tsunade abrazó a Jiraya hasta que Orochimaru se retiró para avisar a su sensei que Nawaki había muerto una vez Orochimaru se fue, Jiraya comunicó a Tsunade que su hermano estaba vivo y que su abuela y familia ya sabía que Nawaki esta a salvo, pero no puede regresarlo, al menos no por el momento, solo para despedirse de su abuela Mito, después de la muerte de los padres de Tsunade ella conoció a un hombre peliazul de nombre Dan Kato de quien se enamoró, solo para que después muriera en un ataque sorpresa del enemigo, pero para su sorpresa Dan fue salvado por Jiraya y lo refugió en el monte Myoboku, para después decirle a Tsunade que su amado Dan está a salvo y le mencionó que Hiruzen planeó la muerte de Dan para que Tsunade y Jiraya se casaran y así los hijos que tuvieran serían muy poderosos en el futuro, después de que Hanzo de la salamandra nombrara a Tsunade, Jiraya y Orochimaru los 3 legendarios sanin, Jiraya quiso quedarse con unos niños que habían quedado huérfanos por la guerra, pero sus compañeros de equipo se regresaron a Konoha, Jiraya entrenó a esos niños por 3 años, durante ese tiempo Jiraya descubrió que uno de esos huérfanos era un Uzumaki con rinegan y les enseñó su manera de traer la paz a través del diálogo mientras en Konoha, Tsunade abandonó la aldea de la hoja por la supuesta muerte de su amante Dan y Tsunade tomó a la sobrina de Dan Shizune Kato para enseñarle todo lo que sabe en ninjutsu médico, después de terminar el entrenamiento de los huérfanos de 3 años, Jiraya quien estaba en contacto con Tsunade, usó la invocación de los sapos para que invocaran a los Uzumakis rescatados junto con Ukyo, Nawaki y Dan, Jiraya le dijo que se mantuvieran ocultos mientras el regresa a Konoha, llegando a Konoha Jiraya tomó un equipo gennin donde estaba Minato Namikaze, después de convertirse en un gennin Minato rescató a Kushina Uzumaki, la nueva Jinchuriki de la Kyuuby, 2 años después, Jiraya se fue de Konoha con la excusa de espíar a las demás aldeas solo para estar con su amada Ukyo y saber todo lo que han avanzado.

20 años después Jiraya y Tsunade se habían casado con sus respectivas parejas, Jiraya tuvo 2 hijos, un niño y una niña que heredaron el Byakugan de su madre, y los hijos de Tsunade ambos tienen el apellido Senju de su madre, esto a petición de Dan Kato para que no se extinga el clan Senju, Nawaki se enamoró de una chica Uzumaki que fue rescatada del exterminio del clan Uzumaki y tuvo un hijo. Después de la tercera gran guerra shinonbi Minato fue nombrado cuarto hokage, Jiraya decidió ir solo a Konoha a ver a Minato para felicitarlo por haberse convertido en hokage fue ahí cuando se enteró que Kushina estaba embarazada y Minato nombró a Jiraya y Tsunade como sus padrinos, solo para que 9 meses después se enterasen que la Kyuubi atacó la aldea y Minato y Kushina murieron, Jiraya quiso que ya sea el o Tsunade criaran a su ahijado Naruto, pero Hiruzen no lo permitió.

5 años después Naruto cuando Jiraya se enteró del trato que recibió Naruto se lo hizo saber al Daymio del país Fuego, Roku, quien fue inmediatamente a Konoha para que sacaran a Naruto de Konoha pero se enteraron que a Naruto se lo llevaron de la aldea el monje Chiriku en compañía de la anbu Yugao Uzuki, después de que el Daymio dejó la aldea se llevó todos los sellos de Konoha y 100 millones de ryós dejando a Konoha indefensa, así como también quitarles el sello del pájaro enjaulado a la rama secundaria del clan Hyuga, Fugaku Uchiha quien quería hacer un golpe de estado para apoderarse de Konoha para así ayudar y críar a Naruto como el y su esposa se lo habían prometido a sus amigos Minato y Kushina, pero su hijo Itachi exterminó a casi todo su clan dejando vivos solamente a el, a su esposa y a su hijo menor. Hiashi Hyuga tomó a sus hijas Hinata y Hanabi y se fueron de Konoha y se unieron a Jiraya.

Pasaron 6 meses donde Jiraya junto a su red de espías conformado por Tsunade, Dan, Nawaki, Ukyo, Hiashi y los Uzumaki que fueron rescatados por Jiraya buscaban a Naruto a través de las aldeas shinobi, de los países elementales, y en los pequeños países y aldeas pequeñas, incluso buscaron en la antigua y destruida isla de Uzushio, pero no apareció, simplemente Naruto desapareció.

6 años han pasado desde que Naruto desapareció de Konoha, durante ese tiempo, Sasuke Uchiha, hijo menor de Fugaku Uchiha y Mikoto Uchiha, fue asesinado por los anbu de Hiruzen ya que Fugaku había revelado al pueblo de Konoha que Naruto era el hijo del cuarto hokage, así como también el que Kushina Uzumaki la madre de Naruto también fue jinchuriki de la Kyuubi y también lo fue Mito Uzumaki, así como Naruto, ellas fueron también jinchuriki de la Kyuubi, mostrando pruebas de lo que había revelado y también reveló el plan del hokage para convertir a Naruto en un arma usando el dolor de los aldeanos para que maltraten a niño y así el salvarlo para ser el héroe del niño y hacerlo fiel a la aldea, mostrando el diario negro que el hokage tenía, otra cosa que reveló Fugaku fue que el clan Uzumaki tenía una alianza con la aldea de la hoja pero el hokage los traicionó vendiendolos a los enemigos para que los exterminaran y así mantener al clan Uzumaki controlado mediante Kushina y sus hijos, después de estas revelaciones la gente de Konoha empezó a pedir que el hokage y los ancianos del consejo sean despojados de su poder, Hiruzen y los ancianos restantes estaban furiosos porque después de esto los líderes de los clanes, Hyuga, Yamanaka, Nara, Akimichi, Inuzuka, y Uchiha, dudaban de las decisiones que tomaba el hokage haciendo más difícil que Hiruzen tenga contacto con Orochimaru para saber como ser inmortal. Cuándo Fugaku se enteró de la muerte de su hijo, quemo su cadáver para que no usen los ojos de su hijo, y tiempo después Fugaku y Mikoto se fueron de Konoha solo para después encontrarse con Jiraya y después de revelar a Jiraya que se fueron de Konoha ya que Mikoto esta embarazada y no querían que algo les pasara a su hijo o hija, Fugaku también se unió a la red de espías de Jiraya, también hubo una guerra entre las ramas primaria y secundaria en el clan Hyuga lo que llevó al exterminio de la rama secundaria mediante las órdenes del hokage, en esos 6 años, las aldeas de Iwa y Kumo se enteraron de lo debil que estaba Konoha ya que su jinchuriki desaparició, que su Daymio le quitó los sellos y todo el dinero por lo que Konoha estaba en bancarrota, asi que tomaron esa oportunidad para atacar y destruir Konoha, después de la destrucción Iwa tomó los pergaminos de jutsus y varios miembros de clanes importantes, mientras que los de Kumo tomaron los miembros del clan Hyuga para tenerlo en Kumo dejando desolado y destruido lo que alguna vez fue Konoha. Orochimaru estaba molesto por la destrucción de Konoha ya que él quería ser el que destruya Konoha y mate a Hiruzen pero Iwa y Kumo destruyeron Konoha y mataron a Hiruzen, así que planeó destruir Iwa y Kumo pero para eso tomaría mucho tiempo, Jiraya y su red de espías descubrieron que había una organización de criminales mercenarios llamados akatsuki pero no sabía lo que buscaban realmente.

3 años después de la destrucción de Konoha, los akatsuki empezaron a casar a los jinchurikis tomando primero a al ichibi tomando secuestrando a gaara el hijo menor del cuarto kazekage arrebatandole el biju y matando a gaara en el proceso, Yugito Nii la jinchuriki del nibi perteneciente a Kumo fue vendida a akatsuki por 50 mil ryós arrebatandole el biju y matando a Yugito, con el sanbi, los miembros de akatsuki fueron al lago donde se encontraba para dejarlo inconsciente y llevarlo a su guarida donde usaron una extraña estatua con varios ojos para convertir en chakra y meterlo en esa estatua, con Roshi y Han los jinchurikis del yombi y gobi respectivamente que vivían aislados en una cueva fuera de la aldea de Iwa fueron capturados al mismo tiempo arrebatandoles sus bijus y matandolos, Utakata el jinchuriki del rokubi que estaba vagando fuera del país del agua fue capturado, extraído su biju y muriendo, Fu quien regresaba a su aldea de una misión fue capturada extrayendole su biju y muriendo, pero faltaba los más difíciles el 8 y 9 colas, sin embargo para infiltrarse en Kumo era algo imposible.

Luego de captaturar a los bijus del 1 al 7 colas, Tobi engañó a Orochimaru para usar el jutsu edo tensei y así revivir a los hermanos Kinkaku y Ginkaku para quitarles el chakra de la Kyuubi, mientras que convencía a Nagato para que use el rinegan para revivir a Madara Uchiha, una vez que Madara fue revivido este último mató a Nagato y a Konan para recuperar su rinegan.

Madara y los akatsuki atakaron Kumo destruyendo la aldea y tomando a Killer Bee el jinchuriki del hachibi extrayendole su biju y muriendo.

Después de tener chakra de los 9 bijus el juubi fue revivido y fue absorbido por Madara y activó el tsukuyomi infinito poniendo a todo el mundo, incluyendo a Jiraya y a su red de espías en un genjutsu interminable, solo para ser traicionado por Zetsu atravesando a Madara en el corazón obligando a su cuerpo a absorber el chakra de forma descontrolada creciendo desmesuradamente solo para comprimirse y formando una mujer con los ojos blancos, un ojo rojo en la frente y cuernos en la cabeza, ella empezó a sonreír ya que su plan para su resurrección había funcionado a la perfección y esta vez tendría a todo el mundo sirviendole mientras que sus mentes están en el genjutsu, de esa manera esclavizando al mundo entero por toda la eternidad.