Pasca kematian Kenshin
Setelah wafatnya Kenshin, terjadi perang saudara yang memperebutkan kedudukan pewaris kekuasaan. Kenshin mempunyai dua putra angkat, Uesugi Kagekatsu (anak dari kakak perempuannya yang bernama Sentōin dan Nagao Masakage) dan Uesugi Kagetora (anak dari Hōjō Ujiyasu). Pada tahun 1579 terjadi Perang Otate yang berakhir dengan tewasnya Uesugi Kagetora. Pengikut klan Uesugi yang bernama Shibata Shigeie memutuskan untuk berdiri sendiri, sehingga pasukan Oda yang dipimpin oleh Shibata Katsuie berhasil merebut provinsi Noto, Kaga hingga berhasil masuk ke dalam provinsi Etchū.
Pada akhirnya, kekuatan militer luar biasa yang dibangun oleh Kenshin habis tidak bersisa akibat perang saudara dan klan Uesugi pun mengalami kemunduran besar. Berkat usaha keras Naoe Kanetsugu dan Uesugi Kagekatsu berhasil membangun kembali kekuatan klan Uesugi dengan penerimaan 1.200.000 koku. Akibat berpihak pada kubu Pasukan Barat dalam Pertempuran Sekigahara, wilayah kekuasaan klan Uesugi ditukar dengan wilayah han Yonezawa yang hanya bernilai 300.000 koku dan terus berada di bawah kekuasaan klan Uesugi hingga Restorasi Meiji.
Pada zaman Edo, anak cucu Uesugi Kagekatsu yang menjadi penguasa Yonezawa terus mengagungkan jasa Uesugi Kenshin sebagai pendiri Yonezawa. Setelah Restorasi Meiji, di Istana Yonezawa dibangun kuil untuk Uesugi Kenshin yang diberi nama Uesugi Jinja. Kenshin secara anumerta menerima gelar Jūni-i (setingkat di bawah perdana menteri).