Cette histoire est la suite non-officielle de la saga. Elle se déroule 20 ans après les événements de Madagascar 3. Alex et gia, ainsi que Melman et Gloria sont parents. Avec le succès grandissant du cirque, Alex et tout les autres souhaitent s'offrir des vacances bien méritées, mais les jumaux d'Alex et Gia se font enlever par le plus grand réseaux de trafic d'animaux au monde...