Peu de temps après que Code ait déclaré le début de la Cinquième Grande Guerre Ninja, les 5 grands villages du monde des Shinobis s'unissent à nouveau pour commencer les préparatifs en vue du conflit à venir contre l'organisation Kara et l'armée de Jubi.
Naruto, le 7e Hokage du village de Konoha, révèle son plan aux autres Kage. Il leur explique que la meilleure option de gagner cette futur guerre contre Code est de le forcer à se montrer pour que les 5 villages puissent frapper les premiers.
Le 5e Kazekage, Gaara et le 5e Raikage, Darui, décident de suivre le plan de Naruto pour attirer Code, Kawaki, l'organisation Kara et l'armée de Jubi dans un piège. Le Hokage de l'ombre, Sasuke, leur rappelle que Kawaki a déserté Konoha 3 ans plus tôt et qu'il doit être anéanti car il possède le Dojutsu du regretté Isshiki Otsutsuki.
La 4e Tsuchikage, Kurotsuchi, comprend que ce dernier pourrait prendre contrôle du corps de Kawaki durant la bataille à venir. Alors qu'ils étaient sur le point de finir de se préparer pour la Cinquième Grande Guerre Ninja, Shikamaru sent le chakra de Kawaki s'activer, ce qui préoccupe les 5 Kage.
Dans le repère de l'organisation Kara, Code discute avec Kawaki sur la possibilité de tuer Bug car il considère que ce dernier ne lui est plus utile pour son objectif de terrasser Boruto. Delta demande à son ami s'il est attristé par la trahison d'Ada, Daemon, Amado, Ao et Kashin Koji. Code lui dit que c'est une immense perte pour l'organisation Kara et que pour ça, ils ont recruté un nouvel allié.
Garo s'interroge sur la nouvelle recrue qui les a rejoint avant de comprendre qu'il s'agit en effet de Shin Uchiwa, une expérience raté d'Orochimaru, qui veut se venger de Sasuke. Code, surpris, ordonne à Kawaki de tuer Bug car il pense désormais que leur nouvel allié aura un rôle crucial lors de la bataille à venir.
À l'Académie des Ninjas, Boruto discute avec Sarada et Mitsuki à propos de la guerre contre Code, Kawaki, l'organisation Kara et l'armée de Jubi qui approche à grand pas. Leur maître, Konohamaru Sarutobi, rassure ses élèves que Sarada affrontera Delta aux côtés de Sumire tandis que lui, Mitsuki et Boruto affronteront Kawaki avec Shikadai, Cho-Cho et Inojin. Il leur annonce que Kakashi, le 6e Hokage, et Shinki vont les aider à vaincre Kawaki.
Dans la maison des Uzumaki, à la tombée de la nuit, Hinata, qui a appris que Boruto participera à la Cinquième Grande Guerre Ninja, demande à sa fille si elle va également prendre part au conflit à venir. Cette dernière lui dit que son père lui a donnée le feu vert pour combattre Code, Kawaki, l'organisation Kara et l'armée de Jubi, car elle voulait montrer ses capacités aux autres ninjas de sa génération.
Le lendemain matin, tout les ninjas des 5 grands villages du monde des Shinobis se réunissent pour le début de la Cinquième Grande Guerre Ninja. Naruto, accompagné de Daemon et Amado, ordonne à son fils Boruto de discuter avec Log à propos de l'objectif ultime de Code, pour permettre la réussite de la mission.
Après un échange qui a duré plus de 30 minutes, le chef de Kara se montre enfin et annonce aux deux ninjas qu'il va prendre le contrôle du monde des Shinobis. Log s'en prend directement à Code en lui lançant un kunai dessus, ce qui active enfin le piège. Boruto le félicite pour ce geste, ce qui provoque la colère du chef de Kara, qui envoie la totalité de ses troupes au combat. L'union des Shinobis fait de même et envoie la majorité de leurs forces au front, ce qui marque le début officiel de la Cinquième Grande Guerre Ninja.