El espectáculo tiene lugar en una tierra de fantasía postapocalíptica llamada Mobius en algún momento del siglo 33. Mobius está poblado en gran parte por animales antropomórficos llamados Mobianos. Sonic, un erizo adolescente de Mobian (y repartidor local), vive en la Isla Sur con su tío Chuck, que dirige un local de chili dog en Emerald Town. Sonic es naturalmente rápido, ya que corre por las aceras a velocidades increíbles; una habilidad que heredó de su difunto padre. Para ayudarlo en su envío, Chuck inventa unas zapatillas rojas especiales diseñadas para soportar la increíble fricción que genera, lo que le permite a Sonic aumentar su velocidad de carrera. En contra de los deseos de su tío, Sonic se une a un equipo de atletismo y gana muchos premios. Sonic incluso visita la bolera local para gastar bromas pesadas a los jugadores acurrucándose y pretendiendo ser una bola de bolos.
Un día, un científico humano llamado Dr. Robotnik, empeñado en conquistar el pacífico planeta mediante el uso de poderosas gemas llamadas Chaos Emeralds, conquista la ciudad de Mobotropolis con la ayuda de su ejército de robots soldados llamados SWATbots y su asistente y sobrino Snively. . Usando una aeronave gigante llamada The Destroyer, nivela Mobotropolis en la ciudad oscura y contaminada de fábricas y almacenes conocida como "Robotropolis". A partir de ahí, los ejércitos de Robotnik asedian todas las zonas de la Isla Sur, declarándolas parte de su territorio, y capturan a casi todos los habitantes, utilizando una máquina llamada "Roboticizer" para convertirlos en robots esclavos.
Mientras tanto, el ejército envía un equipo de héroes (Sally Acorn, Antoine Depardieu y Rotor the Walrus) para luchar contra las fuerzas siniestras en acción, pero rápidamente son capturados y encarcelados. Cuando parece que todo está perdido, Sonic the Hedgehog llega y los salva a todos de una fatalidad segura. Sally intenta que Sonic sea miembro del equipo, pero él se niega y prefiere ignorar el problema. Sin embargo, el Dr. Robotnik invade la ciudad natal de Sonic y secuestra al tío Chuck. Después de no poder detenerlo, Sonic se une a regañadientes al Freedom Team e intenta idear un plan para rescatar a su tío. Juntos, corren por las zonas, deteniendo las fuerzas de Robotnik y liberando a los habitantes capturados.
Después de una serie de ataques aislados, el Dr. Robotnik comienza a gobernar Mobius bajo leyes injustas, obligando a la población a pagar grandes cantidades de dinero como tributo y robotizando a cualquiera que se oponga a él. Aquellos que lograron escapar se retiraron a la Gran Zona Forestal de la Isla Sur y construyeron Knothole Village, un refugio seguro para esconderse de Robotnik. Sonic y sus amigos se ven obligados a pasar a la clandestinidad, operando como un grupo de luchadores por la libertad. Otros personajes se unen al equipo a medida que avanza la serie, incluido el mejor amigo de Sonic, Miles "Tails" Prower, Bunnie the Rabbot, Johnny Lightfoot, Porker Lewis, los hermanos gemelos reales: Manic y Sonia; y un androide inteligente llamado NICOLE.
Desde entonces, los Knothole Freedom Fighters frustran constantemente los planes de Robotnik, aunque no logran marcar una gran diferencia en general, con Robotnik literalmente gobernando la tierra con puño de hierro...