Historia de los Ancestros:
Desde el principio de los tiempos, Dark Gaia y Light Gaia han estado durmiendo en el núcleo de la Tierra. Siguiendo un ciclo constante, Dark Gaia despierta una vez cada dos millones de años para destruir la Tierra y Light Gaia luego la restaura en un evento conocido como el Tiempo del Despertar.
Hace aproximadamente 12.000 años, cuando Mobius todavía era la Tierra moderna, la humanidad experimentó una edad de oro científica cuando tropezaron con un portal llamado "el Vacío" que conducía a la Zona Especial interdimensional; en el que se descubrió que el principio del universo era la energía, no las leyes físicas. Sin restricciones para avanzar, crearon una utopía tecnológica y la primera colonia espacial completamente funcional... Entonces llegó la fuerza alienígena conocida como Black Arms. Proclamándose a sí mismos como los guardianes del equilibrio de poder galáctico, la presencia del Vacío se sintió en todo el universo una vez que alcanzaron este poder y los Black Arms exigieron que lo entregaran para poder ocultarlo de manera segura. Los humanos se negaron y los Black Arms, considerándolos demasiado peligrosos, bombardearon el planeta con un enorme meteoro; destrozándose tras el impacto y dejando la mayor parte del mundo como un páramo árido y sin vida. Sólo pequeñas zonas de vida silvestre sobrevivieron a la extinción.
La llegada de las Esmeraldas del Caos:
Tras el ataque, aunque la mayor parte del meteorito fue destruido, una extraña piedra preciosa de asombroso poder quedó intacta. Cuando los últimos supervivientes de la humanidad huyeron cojeando a los rincones más lejanos del planeta, irradió una fuerte ola de energía que aceleró la reevolución de la vida. Sin embargo, la energía tuvo un efecto secundario no deseado; los animales de la tierra comenzaron a cambiar. Sus cuerpos adquirieron estaturas más humanas; sus mentes desarrollan una sensibilidad avanzada. En tan sólo unas pocas generaciones, los animales ya habían formado su propia civilización, llamándose a sí mismos "Mobianos" por la forma que parecía su tierra natal. Los mobianos se unieron en torno a una monarquía para mantener la unidad y nació el Reino de Acorn. A medida que la vida comenzó a repoblar Mobius a un ritmo más rápido, la fuerza de la Master Emerald comenzó a debilitarse. Aunque no estaba en su antiguo esplendor, la gema seguía siendo una fuerza a tener en cuenta. Cuando los Echidnas (los primeros mobianos bien desarrollados en ese momento) descubrieron la ubicación de la Master Emerald, encontraron colonias de pequeños extraterrestres con apariencia de niños (más tarde llamados Chao) protegidos por una criatura inmortal parecida a un dios, compuesta enteramente de concentrado. energía en estado líquido, que rodea la piedra preciosa sagrada. La criatura, que más tarde sería conocida como "Caos", era una criatura muy cariñosa y gentil, pero tenía dificultades para controlar sus emociones. Los Equidnas veían al Caos como un dios del conocimiento, y se descubrió que la colección de siete piedras de poder multicolores del meteoro era capaz de aprovechar y controlar las energías elementales; pero su naturaleza errática llevó a que las piedras fueran apodadas "Las Esmeraldas del Caos". La sociedad Equidna buscó contener y controlar estas energías, y prosperó con muchos santuarios y ciudades que rodeaban el área, viviendo en lo que ahora es la ciudad Megopolis de Angel Island.
Sin embargo, los Echidnas eventualmente se volvieron hambrientos de poder e imprudentes. Al decidir quién merecía conservar el territorio que rodeaba la Master Emerald, los numerosos clanes se declararon la guerra entre sí. Cuando el arrogante jefe del Clan Knuckles, Patchacamac, intentó someter al Caos a su voluntad para vencer a sus enemigos, terminó tomando una decisión que casi habría condenado a la raza Echidna. Cuando Caos se negó a ayudar a Patchamac y su gente, ordenó a sus hombres masacrar a todos los Chao en represalia. Justo cuando cometían este acto blasfemo, se desató la furia del Caos. Absorbió la energía negativa de las Chaos Emeralds para alcanzar su forma final y más fuerte, Perfect Chaos, y comenzó a enviar una ráfaga de maremotos que arrasaron con la mayor parte de la civilización Echidna, matando a Patchamac y sus hombres al instante. La furia del Caos se habría extendido al resto del mundo si no hubiera sido por la hija del Jefe, Tikal. Sellándose dentro de la Master Emerald con Caos, la ira del ser fue contenida. Lo único que queda de ese momento son las Chaos Emeralds.
Durante ese tiempo, la humanidad sobrevivió a la extinción escondiéndose a bordo de la avanzada y recientemente construida colonia espacial, conocida como 'ARK', durante siglos antes de regresar finalmente a la superficie para descubrir que el mundo había cambiado. Enviado a examinar el supuesto "páramo radiactivo" para una posible recolonización, el equipo de reconocimiento humano se sorprendió al ser recibido por la vasta fauna de color verde brillante que los envolvía. Los primitivos y cautelosos mobianos, desconfiados de los extranjeros que desembarcaban en sus campos, aparecieron ante los humanos, inseguros de sus intenciones. Algunos estaban disgustados al ver estas "bestias andantes" y así comenzó el odio hacia la raza Mobian. Los inmigrantes humanos subsistían en el aislado asentamiento costero de Central City. Los mobianos se referían a ellos (cuando se topaban con ellos) como "los antiguos" y llegaron a ser conocidos como seres casi míticos. Sacando la sed de vida de su duro entorno, los antiguos estaban desesperados por recuperar su lugar como las antiguas especies dominantes del planeta, conservando el nombre de "Tierra" con ellos. Los antiguos comenzaron a repoblar estableciendo una serie de colonias bajo la Federación Unida y una fuerza militar humana conocida como G.U.N. (las Unidades Guardianas de las Naciones); recogiendo y reparando máquinas de sus ciudades en ruinas. Uno de los ingenieros responsables de ayudar a la humanidad a recuperarse fue un hombre llamado Profesor Gerald.