Soy Eggman:
La paz reinó en la Tierra de Mobius tras la derrota de Robotnik. Durante mucho tiempo los habitantes disfrutaron de una existencia tranquila. A la mayoría de los mobianos les pareció que Robotnik había hecho las maletas y había dejado su mundo para ir a un lugar diferente. Sonic, sin embargo, tenía una opinión diferente. Desde que tiene uso de razón, Ivo Robotnik tenía un deseo ardiente de controlar el poder de las Chaos Emeralds. Parecía extraño que alguna vez perdiera interés en ellos...
Robotnik, al quedarse sin ideas, cayó en una depresión total por haber fracasado en su búsqueda. Su atención, sin embargo, se centró en el diario de su abuelo. Mientras navegaba por las páginas, se topó con una serie de entradas que contenían su investigación en arqueología antigua y el estudio de la misteriosa y antigua civilización Equidna; particularmente su caída a manos de un ser malévolo conocido como "Caos". Con el poder aprovechado de las Esmeraldas, Caos eventualmente se volvería invencible y susceptible a su voluntad, lo que le permitiría destruir Station Square y reconstruir Robotropolis sobre sus ruinas.
Habiendo revivido su espíritu, Robotnik anunció el regreso de su imperio. Pero esta vez, bajo un nuevo alias: "Dr. Eggman".
Un cristal roto:
Knuckles the Echidna estaba custodiando la Master Emerald en la Isla Angel flotante cuando se enfrentó a Rouge the Bat, quien intentó robar la Master Emerald para ella. Pero antes de que la discusión pudiera continuar, el malvado doctor destrozó la Master Emerald y liberó a Caos de su prisión. Habiendo escuchado historias sobre un mutante acuático que causaría destrucción en el mundo, Knuckles decidió no creerlo, hasta que lo vio con sus propios ojos. Poco después, Angel Island se hundió en el mar, lo que provocó que los fragmentos de la Master Emerald se esparcieran por las islas. Resolviendo buscar los fragmentos, Knuckles se dispuso a recuperarlos con el murciélago siguiéndolo, con la intención de recolectar los fragmentos para beneficio personal.
Mientras tanto, Tails comenzó a probar su avión propulsado por Chaos Emerald, solo para estrellarse en la playa cerca de Station Square. Después de rescatar a Tails, Sonic fue testigo de un ataque de la policía contra Caos. Fueron confrontados por Eggman, quien usó la esmeralda de Tails para transformar a Caos en su segunda forma. Para evitar que los planes de Eggman se hicieran realidad, Sonic y Tails decidieron comenzar la búsqueda de las esmeraldas. Mientras se lamentaba de su tiempo con Sonic, Amy Rose terminó rescatando a un pájaro Flicky y la llamó "Lily". Sin embargo, Eggman, habiendo descubierto la ubicación de Lily, envió a su robot Zero a cazar al pájaro. Después de que Sonic rechazó la oferta de Amy de proteger a Lily, Zero capturó a Amy y Lily y las detuvo a ambas a bordo de la nueva aeronave de Eggman, el Egg Carrier. Sonic y Tails lo persiguieron en el último avión del tío Chuck, el Tornado II, pero fueron derribados rápidamente. Después de estrellarse, Tails encuentra otra esmeralda y la usa para preparar el avión para rescatar a Amy.
A bordo del Egg Carrier, Eggman activó el E-102 Gamma y lo hizo luchar contra el E-101 Beta durante su entrenamiento. Luego ordenó al resto de los robots de la Serie E que buscaran a Froggy, una rana Mobini que accidentalmente se tragó la cola de Chaos y una Chaos Emerald. Gamma finalmente encontró a Froggy, pero el dueño de Froggy, Big the Cat, lo persiguió hasta el barco. Eggman se burló de los robots de la Serie E por su fracaso y los quitó antes de colocar a Gamma en la celda de Amy. Sin embargo, Amy lo convence de que Gamma no tiene trabajo para Eggman, ya que él es un enemigo. En una confusión de emociones recién descubiertas, Gamma liberó a Amy y Lily. Mientras era perseguida por Zero, Amy escapó hacia la cubierta del barco. Habiendo recuperado tres esmeraldas, Sonic y Tails se encuentran con Rotor en su nuevo taller cerca de Mystic Ruins con la esperanza de posiblemente intercambiarlas por Amy. Pero finalmente perdieron dos ante Eggman debido a que Knuckles, fácil de engañar, confundió una de las esmeraldas con un fragmento. Eggman escapó en el Egg Carrier mientras Sonic y Tails abordaron el Tornado II y se infiltraron en el acorazado. Knuckles también abordó el avión, habiendo recogido varias piezas de la Master Emerald y sintiendo más a bordo del Egg Carrier.
Sonic y Tails se enfrentaron a Eggman y Chaos, que ahora tenían seis Chaos Emeralds (una en posesión de Lily), y los derrotaron una vez más antes de perseguir a Eggman. Pero Gamma fue enviada a atacarlos. A pesar de atacar con una andanada de armas, Sonic derrotó a Gamma, pero Amy interfirió y le rogó a Sonic que perdonara al robot. Gamma, entendiendo que Eggman era un enemigo, decidió seguir a los demás mientras huían, mientras Big escapó a bordo del Tornado II después de rescatar a Froggy. Mientras tanto, Knuckles robó los seis fragmentos restantes y se encontró con Rouge nuevamente. Durante la pelea, el barco comenzó a perder altitud y Knuckles salvó a Rouge de una muerte segura. Rouge entregó los fragmentos recolectados por vergüenza, y finalmente permitió que Knuckles restaurara la Master Emerald. Ambos huyeron del barco cuando se estrelló en el océano.
Después de intentar destruir Station Square en un último recurso fallido, Eggman fue confrontado y derrotado por Tails. Y al huir, Sonic se enfrentó al científico en su Egg Viper y lo destruyó. Mientras tanto, Gamma logró borrar el registro de su maestro y decidió localizar a sus hermanos robots. Al liberar a los animales del interior de los robots, Gamma acompañó a Amy de regreso al Egg Carrier para reunir a Lily con su familia. Pero se enfrentaron a Beta y Zero reconstruidos después de derribar al pobre Flicky. Evitando el contacto con los láseres de Zero, Amy derrotó al robot usando su Piko Piko Hammer para golpearlo contra las vallas eléctricas que los rodeaban. Sin embargo, la pelea que siguió entre los robots terminó con su destrucción y los padres de Lilly fueron liberados. Amy despidió a Lily y su familia, para su felicidad, y prometió hacer todo lo posible en memoria de Gamma.
Un día después, Knuckles restauró los fragmentos de la Master Emerald, pero Angel Island se derrumbó en el mar una vez más cuando Caos atacó tanto a él como a Eggman. Chaos absorbió las seis Chaos Emeralds y localizó la séptima a bordo del Tornado II, que se estrelló después de que Big la usó para escapar del Egg Carrier. Con todas las Chaos Emeralds, Chaos se transformó en Perfect Chaos, agotando las Chaos Emeralds de su energía negativa e inundando y destruyendo Station Square. Tikal apareció ante ellos, exigiendo que el Caos fuera sellado nuevamente dentro de la Master Emerald. Sonic objetó, diciendo que el corazón de Caos todavía estaría lleno de ira y tristeza. Con sus amigos animándolo, Sonic usó la energía positiva aún presente de las Chaos Emeralds para convertirse en Super Sonic y enfrentarse a Perfect Chaos. Tras la derrota de Caos, Caos descubrió que los descendientes del antiguo Chao todavía estaban vivos en Station Square y partió pacíficamente con ellos de regreso a Angel Island.
Una sombra de un antiguo yo:
Después de descubrir la existencia de un arma secreta mencionada en el diario de su abuelo, Gerald Robotnik, el Dr. Eggman hackeó la base de datos de la computadora central de GUN y se infiltró en una instalación de alta seguridad en su búsqueda. Esta "arma" del gobierno, un erizo negro llamado "Proyecto Sombra" que afirmaba ser la "Forma de Vida Definitiva", apenas recordaba su propósito. Eggman prometió ayudar a Shadow a restaurar sus recuerdos, siempre y cuando lo ayudara a conquistar el mundo. Al reconocer la apariencia del médico, Shadow se ofrece a ayudar a Eggman a apoderarse del mundo y le dice al científico que se reúna con él en la abandonada Space Colony ARK con más Chaos Emeralds.
Shadow procedió a robar una de las Esmeraldas del Central City Bank. Durante el evento, Shadow tuvo un flashback de los momentos finales de una joven llamada "María" que fue asesinada a tiros por soldados justo ante sus ojos, rogándole que completara una tarea no especificada, lo que interpretó como una petición de venganza. Debido a que Shadow se retiró apresuradamente, nadie pudo verlo bien y muchos testigos confundieron a Shadow con Sonic. Al enterarse de que se lanzó el Proyecto Sombra, el comandante Abraham Tower ordenó a G.U.N. para arrestar a Sonic al verlo. Después de escapar por poco del ejército, Sonic fue arrestado nuevamente poco después de un enfrentamiento con Shadow, quien le demostró la técnica de Control del Caos.
Sonic fue declarado culpable de su supuesto crimen y sentenciado a Prison Island, fuertemente fortificada, donde le dieron un día y una noche completos para intentar demostrar su inocencia. El Comandante Tower era consciente de que Sonic era inocente, pero de todos modos le imputaron los crímenes como encubrimiento. Cansado de la situación, el Comandante le dio a Rouge the Bat la misión de espiar a Eggman. Esta misión la llevó a infiltrarse en la base del Dr. Eggman y, finalmente, al ARK, donde Shadow le estaba mostrando a Eggman las antiguas instalaciones de investigación de su abuelo. Allí, Shadow le transmitió al médico su plan de usar las Chaos Emeralds para cargar una "súper arma" a bordo del ARK llamada Eclipse Cannon para apoderarse del mundo. Para lograr esto, Shadow y Eggman reclutaron a Rouge para ayudar en la búsqueda de las Chaos Emeralds.
Un tiempo después, Tails y Amy se infiltraron en Prison Island en un intento de rescatar a Sonic de G.U.N., mientras que Eggman, Shadow y Rouge se infiltraron en las bóvedas de seguridad de la isla para recolectar tres Esmeraldas. Se envió a los Freedom Fighters para que se ocuparan del problema. Perturbada por la noticia, Sally no podía creer lo que veía y trató desesperadamente de convencer a quién creía que era Sonic para que se entregara. Por orden de Eggman, Shadow mató a Sally, eliminando así a uno de sus enemigos más despreciados. Poco después de escapar, la base de la isla fue destruida por la bomba atómica de Eggman. Con la noticia de la muerte repentina de Sally y la destrucción de Prison Island, Sonic fue juzgado por alta traición por el Rey Acorn y se le impuso una sentencia de muerte. Ahora un fugitivo huyendo, Sonic logró escapar de la custodia gracias a Tails, Amy y el tío Chuck (sus únicos amigos leales) mientras era perseguido por los diputados reales de Antoine y Ari. Sonic estaba naturalmente asombrado, pero luego se enteró con horror de que Sally estaba muerta y que se creía que él era el culpable. Él lamentó su pérdida, ya que nunca tuvo la oportunidad de expresar sus sentimientos por ella. Pero lo peor aún estaba por llegar cuando Eggman transmitió sus amenazas por todo el planeta y demostró el nivel de poder del Eclipse Cannon al destruir la mitad de la luna.
Sonic y compañía usaron la última esmeralda que tenían en su poder para localizar a las otras seis, y Knuckles también los acompañó. Juntos, el grupo se infiltró en la base de la pirámide de Eggman y abordó por poco el transbordador de Eggman cuando se lanzaba al espacio. A bordo del ARK, Tails reveló que creó una Chaos Emerald falsa diseñada para revertir los campos de energía de las reales, aunque era menos poderosa. Sonic estaba a punto de colocar la Chaos Emerald falsa en el cañón cuando Eggman anunció que había capturado a Tails y Amy. Sonic intentó engañar a Eggman dándole la Chaos Emerald falsa, pero en el último segundo, Eggman, sospechando tal truco, atrapó y descartó a Sonic en una cápsula de escape equipada con explosivos. Usando la Chaos Emerald falsa, Sonic logró realizar Chaos Control y escapar de la cápsula antes de que explotara; pero Tails, pensando que Sonic estaba muerto, luchó contra Eggman. Shadow fue enviado a interceptar a Sonic antes de que destruyera el Eclipse Cannon, pero Sonic demostró ser más que rival para Shadow.
Una vez que Eggman recogió las siete Chaos Emeralds e intentó disparar el Eclipse Cannon a máxima potencia, se activó un mecanismo de seguridad. El ARK comenzó a caer hacia la Tierra y un mensaje grabado del difunto Gerald Robotnik se transmite por todo el mundo. Todos supieron que el odio de Gerald Robotnik por todos los humanos surgió cuando el gobierno lo condenó a él y a su investigación y mató a numerosos colegas, incluida su nieta (y prima de Eggman), María, a bordo del ARK. Como venganza contra la humanidad, había dispuesto que ARK colisionara con la Tierra y la destruyera. Eggman determinó que la energía de las Chaos Emeralds estaba causando que el ARK cayera hacia la Tierra, y todos acordaron trabajar juntos para interceptar la energía en el núcleo del Eclipse Cannon y neutralizar la energía usando la Master Emerald para detener la colisión. Shadow inicialmente no participó debido a su apatía hacia la humanidad; sin embargo, Amy le suplicó a Shadow que la ayudara, recordándole la verdadera petición de María, no de venganza, sino de beneficio para la sociedad. Alcanzó a Sonic y Knuckles mientras se dirigían al núcleo del cañón.
Después de desactivar las diversas funciones de seguridad que protegen el núcleo, Sonic y Knuckles se encontraron con el Biolizard, un prototipo de Ultimate Life Form y el hermano "biológico" de Shadow, que había sido despertado de la estasis para garantizar que las Esmeraldas no fueran manipuladas. Shadow derrotó al Biolizard, lo que le permitió a Knuckles neutralizar la energía del Caos y desactivar las Chaos Emeralds usando la Master Emerald. Sin embargo, el Biolizard herido usó Chaos Control para fusionarse con el Eclipse Cannon, convirtiéndose en el Finalhazard y continuando el curso de colisión del ARK arrastrándolo físicamente. Usando el poder de las Chaos Emeralds, Sonic y Shadow se transformaron en Super Sonic y Super Shadow y derrotaron a Finalhazard. Luego utilizaron Chaos Control para teletransportar el ARK de regreso a una órbita estable alrededor de la Tierra. El proceso, sin embargo, agotó la energía de Shadow y no pudo permanecer en órbita. Cayó en picado a la Tierra y aparentemente murió, contento de haber cumplido su promesa a María.
Mientras la humanidad celebraba abiertamente, los dos equipos regresaron a la superficie, reflexionando sobre los eventos que han ocurrido, relacionados con el sacrificio de Shadow y la intención de Gerald Robotnik de destruir la Tierra, y sus nuevos planes a partir de ahí. Después de encontrar finalmente al esquivo Eggman, Sonic hizo que el científico loco confesara ante todos sus crímenes, limpiando así el nombre de Sonic y declarándolo "inocente" mientras Eggman era arrastrado a prisión. En el funeral de Sally, Sonic se despide por última vez de Sally y Shadow.
Pedal al metal:
Hace unos 4.000 años, una civilización antigua creó un arma inteligente llamada Gizoid. Después de estar perdido durante milenios, el Gizoid fue desenterrado e investigado por el Prof. Gerald Robotnik durante una excavación arqueológica en Angel Island. Permaneció inactivo durante otro medio siglo antes de ser descubierto por el nieto de Gerald, el Dr. Eggman, durante su escapada a bordo del Death Egg. Frustrado por su incapacidad para hacer que el Gizoid inactivo funcionara correctamente, Eggman abandonó el Gizoid en Emerald Beach.
Con su tío bajo custodia después de la batalla a bordo del ARK, Snively había logrado burlar la seguridad de regreso a la antigua base de Eggman. Al no poder asumir el puesto de su tío, se enorgulleció mucho y comenzó a reunir una enorme armada de viejos robots y aeronaves almacenadas en hangares remotos en preparación de su nuevo imperio. Mientras tanto, habiendo desarrollado sentimientos de apego hacia Sonic, Nicole sabía que sus intentos de ganárselo no tenían sentido debido a la prematura muerte de Sally. Para hacerse compañía, creó un programa de computadora basado en gran medida en la personalidad de Sonic, titulado "Sonic .EXE", para llenar el vacío. Al descubrir su verdadero propósito de existir, el programa se rebeló y huyó en un ataque de ira, convencido de que era el VERDADERO Sonic. El programa finalmente se transmitió a la base de operaciones de Snively, donde actualmente estaba construyendo un nuevo modelo de Metal Sonic: apodado "Mettallix". Al poseer su cuerpo, el programa rápidamente dominó a Snively y se declaró "Neo Metal Sonic".
Mientras tanto, Rouge se coló en una de las bases abandonadas de Eggman después de escuchar que Snively había acumulado valiosos tesoros. Para su sorpresa, encontró lo que parecía ser Shadow the Hedgehog, que se pensaba que estaba muerto, encerrado en una cápsula de estasis y sin memoria de quién era. Mientras intentaba escapar, accidentalmente activó a E-123 Omega, un robot empeñado en destruir a su creador en venganza por haberlo abandonado, quien comenzó a atacar a Shadow, confundiéndolo con un robot. Al darse cuenta de que todos sus problemas conducen a Eggman, Rouge interrumpió la pelea y los convenció para que se unieran a ella. Más tarde, pronto llegó a los militares la noticia de que Eggman había escapado de la prisión y ahora estaba en libertad nuevamente. De vuelta en G.U.N. En la sede, Sonic y compañía recibieron una carta de Eggman desafiándolos a usar su nueva arma definitiva que estaría lista en tres días, Sonic aceptó el desafío, competitivo como siempre. A diferencia de los demás que estaban perturbados por el mensaje y no estaban seguros de qué hacer con él, Sonic confiaba en que no había nada de qué preocuparse y formó un equipo para frustrar los planes de Eggman.
Mientras estaba en la playa acompañado por Cream the Rabbit y Amy Rose, Big estaba buscando a su amigo anfibio, Froggy, nuevamente mientras Cream buscaba al hermano perdido de Cheese, Chocola. Con una imagen en el periódico local que mostraba a Froggy y Chocola siendo secuestrados por una figura que Amy creía que era Sonic como única pista, los tres se unieron para encontrar a sus compañeros perdidos. Cuando el viento se lo llevó repentinamente, Cream and Cheese logró atraparlo y traerlo de regreso, pero tropezaron con el Gizoid golpeado. Después de hacerse amigo de él, Cream nombró al robot "Emerl", debido a su capacidad para usar las Chaos Emeralds y también a poder copiar movimientos perfectamente. Mientras tanto, la Agencia de Detectives Chaotix recibió un misterioso paquete que contenía un walkie-talkie, con un cliente misterioso dándoles instrucciones a través del dispositivo, prometiéndoles una "hermosa recompensa". Espio y Mighty desconfiaban de su cliente, pero Vector le recordó que tenían que pagar la hipoteca, por lo que el equipo partió.
Después de una serie de aventuras y peleas en sus intentos de localizar a Eggman, los cuatro equipos descubrieron que el médico era falso y ganaron tiempo mientras su flota de acorazados llenaba los cielos. El cliente de Chaotix estaba al tanto de esta revelación, lo que hizo que Charmy y Vector sospecharan algo sobre su cliente. Las cosas se pusieron especialmente crípticas para Shadow cuando encontró un androide roto que se parecía a él y se preocupó más por la afirmación de Eggman de que no tenía pasado. Amy también sospechaba que Eggman tenía como rehenes a Froggy y Chocola. Sin embargo, ninguno de los dos reconoció que Neo Metal Sonic estaba copiando sus datos. Acompañándolos, Emerl se vio envuelta en los asuntos de los amigos, aliados y rivales de Amy. A través de sus encuentros con Sonic, Tails, Rouge, Knuckles y Shadow, Emerl creció y evolucionó de un robot sin alma a un mech amante de la diversión con mucha personalidad, ganando más poder y ganando más personalidad con cada Chaos Emerald que obtuvo, como así como el entrenamiento que recibió de los Freedom Fighters. Pero mientras la pandilla se divertía criando a su nuevo amigo mecánico, hubo quienes observaron que reconocieron el verdadero poder de Emerl. Ahora que el Gizoid estaba funcionando nuevamente, Eggman le puso el ojo y reasignó a E-123 Omega para rastrearlo. Mientras tanto, Rouge quería convertirlo en un maestro ladrón, y Shadow intuyó que, a pesar de sus esfuerzos por humanizarlo, Emerl todavía estaba diseñado y programado para ser un arma de destrucción masiva (y él también cree lo mismo para sí mismo).
Finalmente abordaron la Flota Egg y se enfrentaron a Eggman en el núcleo de la armada. Después de vencer a otro Eggman falso y hacer volar la mitad de la flota, Rouge y Omega comenzaron a buscar tesoros, solo para encontrar numerosas cápsulas llenas de Androides Sombra. Mientras tanto, Big y Cream se reunieron con Chocola y Froggy mientras los Chaotix rescataban a su cliente: Snively. Después de recibir una paliza por prometer lo que no tenía, los equipos interrogaron al ex minion, queriendo saber quién los encerró por intentar conquistar el mundo. Pero antes de que pudiera responder, todos los equipos salieron corriendo para encontrar a Neo Metal Sonic sufriendo una transformación. Al combinar sus datos con el poder del Caos, se convirtió en Metal Madness. El Equipo Sonic decidió luchar contra Metal Sonic usando las siete Chaos Emeralds. Team Rose, Team Chaotix y Team Dark mantuvieron Metal Madness hasta que se convirtieron en Metal Overlord. Team Sonic usó el poder de las esmeraldas para volverse súper y derrotar a Metal Overlord, reduciendo a Neo Metal Sonic a su estado normal.
Más tarde, Eggman finalmente decidió atraer a Emerl a su base a bordo del ARK en un esfuerzo por tenerlo bajo su control. Los dos luchan y Emerl emerge como vencedor, pero Eggman logra sobrecargarlo con energía, lo que hace que Emerl vuelva a su programación original y se vuelva loco. Más poderoso que nunca, The Gizoid decide destruir el mundo disparando el cañón al mundo de Sonic, y el erizo azul es enviado a detenerlo. Los dos luchan en menos de 30 segundos y Sonic gana. Emerl vuelve brevemente al robot amigable que era y finalmente se sobrecarga de energía, despidiéndose de sus amigos antes de explotar, dejando atrás las piezas de las Chaos Emeralds que adquirió. Sonic regresa de la nave espacial y, con todos entristecidos por la partida de sus amigos, le preguntan si cree que Emerl realmente se ha ido. Sin embargo, Sonic les dice a todos que lo volverán a ver algún día.